L’objectif de cette thèse a été d’étudier le rôle du sélénium (Se) dans l’alimentation des géniteurs de truites arc-en-ciel et leur progéniture (génération F1). Les aliments à base d’ingrédients végétaux ont été supplémentés avec 0,3 ppm de Se apporté sous forme inorganique (sélénite de sodium) ou organique (hydroxy-sélénomethionine, OH-SeMet). Le Se, plus particulièrement la forme organique, dans l’alimentation des géniteurs a amélioré les performances de reproduction et augmenté les teneurs corporelles en Se de la progéniture avant le premier repas. Chez la progéniture F1, la distribution tissulaire du Se a été affectée à la fois par le Se présent dans l’aliment des géniteurs et celui des alevins. L’OH-SeMet a amélioré nettement la teneur en Se du muscle alors que le sélénite de sodium de l’aliment des alevins a augmenté le teneur en Se du foie. A court terme, les défenses anti-oxydantes avec notamment la glutathion peroxydase (GPx) ont été stimulées par la supplémentation en OH-SeMet des géniteurs, même si une diminution du rapport glutathion réduit/glutathion oxydé a également été notée. Nous avons pu montrer que la supplémentation en Se des géniteurs pouvait entraîner des modifications à long terme du métabolisme du glutathion qui ont persisté après le début de l’alimentation exogène. Une moins bonne résistance au stress hypoxique a été observée chez les alevins issus des géniteurs nourris avec des régimes supplémentés en Se, alors que la supplémentation en Se dans l’alimentation des alevins a amélioré la résistance au stress. L’effet antagoniste entre l’apport en Se par l’aliment ou les parents sur la GPx et les défenses anti-oxydantes pourrait être lié à une programmation nutritionnelle où soit la progéniture issue du lot contrôle compenserait les faibles niveaux alimentaires de Se, soit la progéniture issue des groupes supplémentés en Se serait moins tolérante aux faibles niveaux alimentaires en Se. Des modifications épigénétiques pourraient être à l’origine de cette programmation nutritionnelle et, en effet, nous avons montré que le niveau de méthylation de l’ADN du foie des alevins émergents était sensible à la composition en Se du régime des géniteurs, à la fois en terme de teneur et de forme. Les gènes identifiés dans cette étude indiquent que plusieurs voies métaboliques pourraient être affectées par l’alimentation en Se des géniteurs. L’ensemble de ce travail a mis en évidence des modifications à court et long terme de différentes voies métaboliques incluant les défenses anti-oxydantes par le Se d’origine parentale ou alimentaire chez les alevins de truite en interaction avec la teneur en oxygène dissous de l’eau ce qui devrait permettre à terme d’améliorer la formulation des nouveaux aliments piscicoles pour les stades géniteurs et alevins.