Thèse soutenue

Mise en évidence et première caractérisation d'une espèce cryptique au sein du complexe Globodera pallida

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Auteur / Autrice : Romain Thevenoux
Direction : Éric GrenierLaurent Folcher
Type : Thèse de doctorat
Discipline(s) : Écologie et évolution
Date : Soutenance le 11/12/2020
Etablissement(s) : Rennes, Agrocampus Ouest
Ecole(s) doctorale(s) : École doctorale Écologie Géosciences Agronomie Alimentation (Rennes ; 2016-2022)
Partenaire(s) de recherche : Laboratoire : Institut de Génétique- Environnement et Protection des Plantes / IGEPP - Laboratoire de santé des végétaux / LSV

Résumé

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Les nématodes à kyste du genre Globodera sont parmi les phytoparasites les plus étudiés de par l’impact économique qu’ils peuvent engendrer sur les productions agricoles. Originaire des hauts plateaux de la cordillère des Andes ce genre aurait été importé en Europe à la fin du XIX siècle. L’existence d’un complexe d’espèce cryptique chez G. pallida, nématode phytoparasites d’importance au sein du genre, est questionnée. La révision taxonomique de cette espèce peut avoir des conséquences fortes en termes d’épidémiologie, d’évaluation et de gestion des risques. Durant ce travail une approche de taxonomie intégrative impliquant trois champs disciplinaires, génétique, morphométrique et biologique, a été développée sur un panel de populations sud-américaines pour délimiter de nouvelles frontières au sein de cette espèce. L’exploration de la diversité génétique a permis de révéler l’exitence de deux groupes fortement distants de G. pallidaCette étude questionne aussi les processus impliqués dans cette divergence qui semblent distincts pour ces deux groupes. L’existence d’une différenciation morphologique a été observée grâce à un outil d’analyse d’image automatisé créé spécifiquement pour ce travail. Le développement de l’outil constitue une approche novatrice pour l’étude de la morphométrie dans ce genre et plus généralement chez les nématodes. Cette différenciation s’appuie sur l’intégration combinée de trois métriques adaptées à la morphométrie automatisée. Enfin, l’étude de la capacité de ces entités à se développer aux dépens de certaines plantes a elle aussi rapporté des