Thèse soutenue

Diversité phénotypique et moléculaire d'isolats urinaires de Pseudomonas aeruginosa
FR  |  
EN
Accès à la thèse
Auteur / Autrice : Agnès Cottalorda
Direction : Martine Pestel-CaronEstelle Bilak
Type : Thèse de doctorat
Discipline(s) : Sciences de la vie et de la sante
Date : Soutenance le 05/11/2020
Etablissement(s) : Normandie
Ecole(s) doctorale(s) : École doctorale Normande de biologie intégrative, santé, environnement (Mont-Saint-Aignan, Seine-Maritime)
Partenaire(s) de recherche : Etablissement de préparation de la thèse : Université de Rouen Normandie (1966-....)
Laboratoire : Groupe de recherche sur l'adaptation microbienne (Rouen ; Caen ; 1998-2021) - HydroSciences (Montpellier)
Jury : Président / Présidente : Jean-Nicolas Cornu
Examinateurs / Examinatrices : Sylvie Chevalier-Laurency
Rapporteurs / Rapporteuses : Didier Hocquet, Anne-Marie Rogues

Résumé

FR  |  
EN

Nos travaux ont exploré la diversité phénotypique (sensibilité aux antibiotiques) et génétique (MultiLocus Sequence Typing et Whole Genome Sequencing) d’isolats urinaires de P. aeruginosa. Nous avons étudié la diversité intra-prélèvement, via l’étude de multiples isolats par échantillon collectés chez 120 patients présentant une infection urinaire (40) ou une bactériurie asymptomatique (80) à P. aeruginosa. En parallèle, la diversité au cours du temps a été étudiée chez des isolats collectés chez 7 patients sur une période de 48 à 488 jours. Les patients étaient le plus souvent colonisés ou infectés par un seul génotype ou clone type, bien qu’une diversité phénotypique (28% des patients) et génotypique (4% des patients) ait été identifiée pour la première fois au sein d’un même prélèvement, à l’origine d’infections ou de colonisations polyclonales. Par ailleurs, des mutations et/ou de larges délétions génomiques ont été identifiées au cours du temps, principalement au sein de gènes codant des régulateurs transcriptionnels, des systèmes à deux composants ou impliqués dans le catabolisme du carbone. En parallèle des changements génomiques, des modifications phénotypiques affectant le fitness et la capacité des isolats à former du biofilm ont été observées. Ainsi, la diversité phénotypique et génétique intra-hôte doit être prise en compte pour parfaire le diagnostic et le traitement des infections urinaires à P. aeruginosa.