Déterminants écologiques et microbiologiques de la composante environnementale de la leptospirose en Nouvelle-Calédonie

Ecological determiners and microbiliogiques of the environmental component of the leptosirose in New Caledonia

• Auteur / Autrice : Emilie Bierque
• Direction : Cyrille Goarant, Linda Guentas
• Type : Thèse de doctorat
• Discipline(s) : Biologie des organismes
• Date : Soutenance le 08/10/2020
• Etablissement(s) : Nouvelle Calédonie
• Ecole(s) doctorale(s) : École doctorale du Pacifique (Faaa ; 2005-....)
• Partenaire(s) de recherche : Laboratoire : Institut Pasteur de Nouvelle-Calédonie
• Partenaire(s) de recherche : Equipe de recherche : Réseau International des Instituts Pasteur - Institut de recherche pour le développement (France). Centre de Nouméa
• Jury : Président / Présidente : Hamid Amir
• Jury : Examinateurs / Examinatrices : Linda Guentas, Hamid Amir, Maëlle Molmeret, Philippe Jourand, Mathieu Picardeau
• Jury : Rapporteur / Rapporteuse : Maëlle Molmeret, Philippe Jourand

Mots clés

Mots clés contrôlés

Zoonoses

Thérapeutique

Nouvelle-Calédonie

Diagnostic

Leptospires

Mots clés libres

Leptospirose

Environnement

Hydrotellurique

Survie

Microscosme

Nouvelle-Calédonie

Leptospirosis

Environment

Hydrotelluric

Survival

Microscosm

New Caledonia

Résumé

L’importance des contaminations humaines, via les eaux et les sols, fait de la leptospirose une zoonose d’origine environnementale. Pourtant, la survie des leptospires pathogènes dans l’environnement reste peu étudiée.À ce jour, le genre Leptospira est composé des Pathogènes 1 (anciennement pathogènes) et 2 (anciens intermédiaires), Saprophytes 1 (anciennement saprophytes) et 2 (nouveau groupe de saprophytes). Le remaniement subi par la phylogénie des leptospires repose sur la découverte d’une grande biodiversité de leptospires. On dénombre aujourd’hui 64 espèces dont 46 ont été isolées depuis l’environnement. L’hypothèse du sol comme habitat environnemental des leptospires pathogènes, remobilisés par l’eau lors de pluies, a été confortée grâce à une revue systématique de la littérature. Afin de mieux comprendre le mode de vie environnemental des leptospires, leur survie a été étudiée en eaux, solutions de sols et sols. Ainsi, une survie de leptospires pathogènes de plus d’un an a été confirmée en eau dépourvue en nutriment. De plus, le maintien de leur virulence après cette longue incubation a été démontré. D’autre part, les solutions de sol à pH neutre et de faible conductivité ainsi que les sols à faible capacité d’échange cationique et capacité au champ ainsi que pauvres en sodium et calcium semblent favoriser la survie des leptospires pathogènes.Ces études contribuent à comprendre la transmission environnementale de la leptospirose. L’identification de l’habitat de ces bactéries pathogènes permettra d’améliorer les stratégies de contrôle et de prévention de cette maladie potentiellement mortelle, applicables à d’autres infections environnementales.

The extent of human contamination, via water and soil, makes leptospirosis an environmental zoonosis. However, the survival of pathogenic leptospires in the environment remains poorly studied. To date, the genus Leptospira is composed of Pathogens 1 (formerly pathogens) and 2 (former intermediates), Saprophytes 1 (formerly saprophytes) and 2 (new group of saprophytes). The reorganization undergone by the phylogeny of leptospires is based on the discovery of a great biodiversity of leptospires. There are now 64 species of which 46 have been isolated from the environment. The hypothesis of the soil as the environmental habitat of pathogenic leptospires, remobilized by water during rains, was confirmed thanks to a systematic review of the literature. In order to better understand the environmental way of life of leptospires, their survival was studied in water, soil solutions and soils. Thus, a survival of pathogenic leptospires of more than one year has been confirmed in nutrient-free water. In addition, the maintenance of their virulence after this long incubation has been demonstrated. On the other hand, soil solutions with neutral pH and low conductivity as well as soils with low cation exchange capacity and field capacity as well as low in sodium and calcium seem to promote the survival of pathogenic leptospires. Understand the environmental transmission of leptospirosis. Identifying the habitat of these pathogenic bacteria will improve control and prevention strategies for this potentially fatal disease, applicable to other environmental infections.