Marqueurs moléculaires d’intérêt pronostique et thérapeutique chez les patients atteints de lymphome à cellules du manteau

Molecular Markers of Prognostic and Therapeutic Interest in Mantle Cell Lymphoma Patients

• Auteur / Autrice : Yannick Le Bris
• Direction : Steven Le Gouill
• Type : Thèse de doctorat
• Discipline(s) : Biologie, médecine et santé
• Date : Soutenance le 15/12/2020
• Etablissement(s) : Nantes
• Ecole(s) doctorale(s) : École doctorale Biologie-Santé (Nantes)
• Partenaire(s) de recherche : Laboratoire : Centre de Recherche en Cancérologie et Immunologie Intégrée Nantes Angers
• Jury : Président / Présidente : Marie-Christine Béné
• Jury : Examinateurs / Examinatrices : Fabrice Jardin
• Jury : Rapporteurs / Rapporteuses : Pierre Sujobert, Fabrice Jardin

Mots clés

Mots clés contrôlés

Lymphome à cellules du manteau

Marqueurs de séquences exprimées

Micro-environnement cellulaire

Mots clés libres

CNA

Résumé

Le lymphome à cellules du manteau (LCM) est une pathologie rare qui présente une grande diversité de profil clinique, biologique et de réponse aux thérapeutiques. Actuellement l’immunochimiothérapie et la consolidation par autogreffe de cellules souches hématopoïétiques est le traitement standard proposé à tous les patients jeunes mais environ 10% d’entre eux sont d’emblée réfractaires alors que d’autres sont en rémission très prolongée. C’est pourquoi le développement de nouveaux marqueurs pronostiques permettrait d’adapter de façon personnalisée la stratégie thérapeutique. Une première partie de ce document rappelle les aspects fondamentaux et le contexte scientifique de cette pathologie. Une seconde partie rapporte les résultats des travaux menés dans le cadre de cette thèse. Nous avons exploré le potentiel pronostique des anomalies du nombre de copies des chromosomes intrinsèques aux cellules de la tumeur chez 100 patients traités en première ligne par une immunochimiothérapie dans l’essai clinique LyMa. Cette évaluation pan-génomique, réalisée par SNP-array sur de l’ADN hautement dégradé de la tumeur, nous a permis d’identifier que des gains de 7p22 sont associés à une bonne réponse en dépit de la présence d’autres anomalies de haut risque (délétion TP53 et CDKN2A). Nous avons identifié que des gains de CCND1 correspondant à des copies surnuméraires des réarrangements CCND1/IGH sont associés à une mauvaise réponse clinique. Ces derniers résultats ont été confirmés dans une seconde cohorte indépendante de patients. Ce travail est publié..Des travaux en cours de finalisation sont également présentés. Nous sommes ainsi en train d’évaluer, en corrélation avec l’immunohistochimie, dans la même cohorte protocolaire, le rôle des anomalies de CDKN2A et p16INK4A. La surexpression de p16INK4A ou la délétion homozygote de CDKN2A qui ont été mises en évidence pourraient être utilisées comme biomarqueurs pronostiques au moment du diagnostic pour prédire la réponse au traitement de première ligne. Enfin, nous avons utilisé une approche innovante d’analyse transcriptomique par Reverse Transcriptase Multiplex Ligation-dependent Probe Amplification (RT-MLPA) adaptée aux acides nulcéiques dégradés des échantillons conservés en paraffine. Des variations intrinsèques ou extrinsèques à la cellule tumorale ont été explorées. Des variations quantitatives des monocytes/macrophages, des lymphocytes T et NK ont été observées en comparaison avec des tissus non tumoraux. D’autres variations ont été observées dans le contexte de lymphome agressif, en cas d’anomalies de p53 et à la rechute. Une troisième partie aborde les travaux envisagés en perspective. Une étude de la clonalité des lymphocytes infiltrant la tumeur devrait permettre d’approfondir le contexte immunitaire dans le LCM. Enfin, une analyse combinée des anomalies intrinsèques et extrinsèques à l’échelle de la cellule unique pourrait permettre d’identifier de nouvelles cibles thérapeutiques et de nouveaux biomarqueurs permettant de mieux positionner les différentes stratégies thérapeutiques disponibles.

Mantle cell lymphoma (MCL) is a rare disease displaying a great diversity in terms of clinic, biology and response to therapies. Currently, immunochemotherapy and consolidation by autologous hematopoietic stem cell transplantation is the standard treatment proposed to all younger patients, yet about 10% are refractory while others enjoy long remissions. The development of new prognostic markers could help to adapt a personalized approach of therapeutic strategies. In the first part of this document, fundamental and scientific aspects of this disease are described The second part reports the results obtained in the context of this thesis. The prognostic value of chromosomal copy number anomalies intrinsic to the tumor cells was investigated in 100 MCL patients enrolled for first-line therapy in the LyMa clinical trial. This pan-genomic approach, performed on highly degraded tumoral DNA by SNP-array, allowed to identify that 7p22 gains are associated to a good response is spite of the presence of high-risk anomalies (TP53 or CDKN2A deletions). We also identified that gains of CCND1, corresponding to additional copies of CCND1/IGH rearrangements, are associated to poor response to therapy. These data were confirmed in a second independent cohort of MCL patients. This work has been published..Investigations in progress are also presented. In the same LyMa cohort, the role of CDKN2A and p16INK4 anomalies is being evaluated, in correlation with immunohistochemistry. Overexpression of the p16INK4A protein or homozygous deletion of CDKN2A have been characterized, that could be used as prognostic biomarkers at diagnosis, to predict the patient’s response to first line therapy. Finally, we used a novel approach of transcriptomic analysis by Reverse Transcriptase Multiplex Ligation-dependent Probe Amplification (RT-MLPA), adapted to the degraded nucleic acids of our formalin-fixed paraffin-embedded samples. Variations intrinsic or extrinsic to the tumor cell have been explored. Quantitative anomalies of monocytes/macrophages, as well as T and NK cells have been observed, in comparison to non-tumoral samples. Other variations have been identified to be associated to aggressive forms of the MCL, in case of p53 anomalies or at relapse. A third part announces projects envisioned in the future. An analysis of the clonality of tumor-infiltrating T-cells should allow to better understand the immune context of MCL. Finally, a combined analysis of intrinsic and extrinsic anomalies at the single cell level could allow to identify new therapeutic targets and new biomarkers for a better-adapted management of patients.