Épidémiologie moléculaire des bactéries multi-résistantes isolées de la chaîne alimentaire en Algérie

par Nadia Chaalal

Thèse de doctorat en Biologie Santé

Sous la direction de Jean-Philippe Lavigne et de Abdelaziz Touati.


  • Résumé

    L’émergence des bactéries à Gram négatif (BGN) productrices de carbapénémases et/ou résistantes à la colistine, provoquée par la consommation irrationnelle de ces antibiotiques, est en forte augmentation. Les pressions politiques se multiplient à l’égard de ce problème et il est de plus en plus urgent de mettre en place des mesures pour empêcher la dissémination de ces bactéries multi-résistantes et/ou des éléments génétiques mobiles qu’elles contiennent à l’homme, l’animal et dans l’environnement, pouvant alors être responsable d’infections dont les options thérapeutiques sont particulièrement limitées. Certains antibiotiques utilisés comme dernier recours pour le traitement des infections à BGN en médecine humaine, sont également fortement utilisés chez les animaux d’élevage pour le traitement et la prévention des maladies bactériennes dues à ces BGN, mais également pour favoriser la croissance et augmenter la rentabilité et les revenus des éleveurs. Cet usage non régulé des antibiotiques n’est pas sans inconvénients, pouvant entraîner la dissémination des bactéries et/ou le transfert des éléments génétiques mobiles portant les résistances aux antibiotiques à l’homme. Récemment, des résistances aux β-lactamines, aux carbapénèmes et à la colistine ont été largement rapportées chez les animaux et les aliments d’origine animale destinés à la consommation humaine, parmi les bactéries pathogènes, les bactéries zoonotiques mais aussi les bactéries commensales. En Algérie, des pratiques peu judicieuses concernant l'achat des antibiotiques par des agriculteurs sans avis des vétérinaires ont conduit à leur utilisation inappropriée. Cette pratique semble être très répandue dans les élevages, en particulier chez les volailles où les antibiotiques sont utilisés à titre prophylactique, mais aussi comme facteur de croissance rendant le risque de contamination humaine majeur. Pour contrôler l'administration rationnelle de colistine et des carbapénèmes dans le traitement des maladies animales, préserver leur efficacité et diminuer le risque d'émergence d'une résistance à un des ces antibiotiques, il est essentiel de connaître l’épidémiologie actuelle des BGN résistants à ces antibiotiques. Ainsi, ce travail de Thèse s’inscrivait dans ces objectifs : i) Caractérisation moléculaire des entérobactéries résistantes aux carbapénèmes isolées de la viande de poulet dans l'ouest de l'Algérie (Chapitre I)ii)Caractérisation moléculaire d'entérobactéries résistantes à la colistine isolées dans la viande de poulet dans l'ouest de l'Algérie (Chapitre II)Une revue de la littérature (Chapitre II) sur le rôle des animaux et en particulier des animaux producteurs d'aliments comme réservoirs de la résistance à la colistine induite par les plasmides (mcr) a été utilisée comme introduction de ce manuscrit de thèse et a permis de comparer nos résultats avec ceux préalablement obtenus.

  • Titre traduit

    Molecular Epidemiology of resistant bacteria isolated from food in Algeria


  • Résumé

    The emergence of carbapenemase-producing Gram negative bacteria (GNB) and/or colistinresistant bacteria, due to the irrational use of these antibiotic, is on the rise. It is becoming an urgent priority for policy-makers, there is an emergency to tackle the problem by developing measures to prevent the large dissemination of multidrug-resistant (MDR) bacteria and/or their genetic mobile elements to human, animal and environment. This is of importance because of the few therapeutic options remaining active to treat infections caused by MDR organisms. In veterinary settings, some common antibiotics used inhuman infections are frequently consumpted in livestock for the treatment and prevention of bacterial diseases (dueto these GNB) but also as growth promotion and to increase the farmers’ profitability and income. This unregulated use of antibiotics is not without drawbacks, which can lead to the spread of MDR bacteria and/or the transfer of the mobile genetic elements bearing the antibiotic resistance to humans. Recently, resistance to b-lactams, carbapenems and colistin has been widely reported in animals and food of animal origin intended for human consumption, among pathogenic bacteria, zoonotic bacteria but also commensal bacteria. However, little is known about the dissemination of MDR strains in food producing animals In Algeria, unwise practices concerning the purchase of antibiotics by farmers without veterinary advice led to their inappropriate use. This practice seems to be widespread infarms, especially in poultry where antibiotics are used prophylactically, but also as a growth factor, inducing the risk of major human contamination. In this way, polymyxins are widely used and poultry was identified to be an important source of colistin resistance mediated by the new transferable plasmid (mcr) among commensal GNB. To control the rational administration of antibiotics in the treatment of animal diseases, to preserve their effectiveness and to reduce the risk of the emergence of colistin/carbapenem resistance, it is essential to know the current epidemiology of the resistance of GNB to these antibiotics.Thus, the different objectives of this thesis were:The molecular characterisation of carbapenem-resistant Enterobacterales isolated from chicken meat in Western Algeria (Chapter I), The molecular characterisation of colistin-resistant Enterobacterales isolated from chicken meat in Western Algeria (Chapter III). A review of the literature (Chapter II) on the role of animals and particularly food-producing animals as reservoirs of the colistin resistance mediated plasmid (mcr) was conducted as an introduction to this thesis manuscript and was allowed to compare our results with those previously obtained.

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