Diversité des populations de Xanthomonas phaseoli pv. manihotis au Mali et recherche de sources de résistance durables chez le manioc

Diversity of populations of Xanthomonas axonopodis pv. manihotis in Mali and finding sustainable sources of resistance in cassava

• Auteur / Autrice : Moussa Kante
• Direction : Boris Szurek, Ousmane Koita
• Type : Thèse de doctorat
• Discipline(s) : Mécanismes des Interactions parasitaires pathogènes et symbiotiques
• Date : Soutenance le 17/12/2020
• Etablissement(s) : Montpellier en cotutelle avec Université de Bamako. Institut Supérieur de Formation et de Recherche Appliquée
• Ecole(s) doctorale(s) : École Doctorale GAIA Biodiversité, agriculture, alimentation, environnement, terre, eau (Montpellier ; 2015-...)
• Partenaire(s) de recherche : Laboratoire : Interactions plantes microorganismes environnement (Montpellier ; 2011-2020)
• Jury : Examinateurs / Examinatrices : Boris Szurek, Ousmane Koita, Claude Bragard, Haby Sanou, Claire Neema, Soungalo Sarra
• Jury : Rapporteur / Rapporteuse : Claude Bragard, Haby Sanou

Mots clés

Mots clés contrôlés

Plantes -- Maladies bactériennes

Mali

Manioc

Infections à Xanthomonas

Mots clés libres

Manioc

Sécurité alimentaire

Changement climatique

Xanthomonas

Bactériose vasculaire du manio

Analyse de diversité (MLVA)

Cassava

Food security

Climate change

Xanthomonas

Cassava Bacterial Blight

Diversity analysis (MLVA)

Résumé

La problématique des maladies des plantes occupe une place de choix dans les axes de recherche agronomique dans bon nombre de pays surtout ceux en voie de développement ou l'agriculture est généralement le moteur de l’économie. Malgré les nombreuses recherches agronomiques, il existe bon nombre de production végétale qui jusque-là semblait être négligée telle que le manioc (Manihot esculenta). Cette culture de nos jours, occupe le devant de beaucoup de recherche compte tenu de ses atouts comme l’une des pistes de solutions probantse aux deux enjeux majeurs (le changement climatique et la sécurité alimentaire) dans les pays du sud comme le Mali. Cependant elle fait face à une contrainte parasitaire de taille, la bactériose vasculaire du manioc (CBB , pour Cassava Bacterial Blight en anglais) provoquée par la bactérie gram négatif Xanthomonas phaseoli pv manihotis(Xpm).Au Mali dans le but de proposer une source de diversification aux cultures vivrières classiques largement dominées par les céréales et de promouvoir des cultures résiliente aux effets du changement climatique, nous avons mené une étude socio-agronomique et phytoparasitaire sur le manioc. C’est ainsi que nous nous sommes intéressés : (i) aux caractéristiques socioéconomiques de la production du manioc dans 05 des plus importantes régions productrices de manioc ; (ii) aux connaissances biologique et génétique de Xpm sur le manioc au Mali et ailleurs en Afrique (Nigeria et Cameroun) et (iii) à la résistance face à Xpm des variétés locale de manioc largement produites au Mali.Une série d’enquête et de prospection suivie d’échantillonnage sur le terrain au Mali, mais également au Nigeria et au Cameroun nous ont permis de collecter des données epidemiologiques et d’obtenir une gamme de matériel végétal symptomatique de la CBB. Avec ces données nous avions mieux aiguisé notre réflexions et argumentaires sur l'exploitation des échantillons : isolement, caractérisation bio-moleculaire, test de pathogénicité, analyse MLVA de la diversité génétique, screening variétale. Nos résultats dénotent de la présence de la CBB dans les 03 pays prospectés et spécifiquement permettent une confirmation du statut de presence de la maladie (la CBB) au Mali. Dans ce pays le système de production reste très vulnérables aux bioagresseurs, dominé par une approche familiale avec de petite superficie (de 0,15 à 2ha en générale) avec un usage sur de longue année des mêmes variétés, un usage majoritaire de la main d’œuvre familial et aussi des échanges de boutures entre producteurs de même village qui sont majoritaires (78% des cas d’acquisition de boutures). L’étude de diversité et de la structure des populations xpm du Mali nous permet de supposer une présence endémique de la maladie au Mali. Quant aux variétés locales cultivées au Mali, elles sont pour la plus part sensible aux souches les plus présentes (selon l’analyse de l’arbre de descendance issues de l’analyse MLVA.

The problem of plant diseases occupies a prominent place in the axes of agronomic research in many countries, especially developing ones, where agriculture is generally the engine of the economy. Despite extensive agronomic research, there is a good deal of crop production which until now seemed to be neglected such as cassava (Manihot esculenta). This culture nowadays occupies the front of a lot of research given its strengths as one of the avenues for convincing solutions to the two major challenges (climate change and food security) in southern countries such as Mali. However, it faces a major parasitic constraint, the vascular bacteriosis of cassava (CBB, for Cassava Bacterial Blight) caused by the gram-negative bacterium Xanthomonas phaseoli pv manihotis (Xpm).In Mali in order to offer a source of diversification to conventional food crops largely dominated by cereals and to promote crops resilient to the effects of climate change, we carried out a socio-agronomic and phytoparasitic study on cassava. This is how we focused on: (i) the socio-economic characteristics of cassava production in 05 of the most important cassava-producing regions; (ii) the biological and genetic knowledge of Xpm on cassava in Mali and elsewhere in Africa (Nigeria and Cameroon) and (iii) the resistance to Xpm of local varieties of cassava widely produced in Mali.A series of survey and prospecting followed by field sampling in Mali, but also in Nigeria and Cameroon have enabled us to collect epidemiological data and obtain a range of plant material symptomatic of CBB. With these data we had better sharpened our reflections and arguments on the use of samples: isolation, bio-molecular characterization, pathogenicity test, MLVA analysis of genetic diversity, varietal screening.Our results denote the presence of CBB in the 03 countries surveyed and specifically allow confirmation of the disease presence status (CBB) in Mali. In this country, the production system remains very vulnerable to pests, dominated by a family approach with a small area (from 0.15 to 2 ha in general) with a long-year use of the same varieties, a majority use of the hand of family work and also exchanges of cuttings between producers from the same village who are in the majority (78% of cases of acquisition of cuttings). The study of the diversity and structure of xpm populations in Mali allows us to assume an endemic presence of the disease in Mali. As for the local varieties cultivated in Mali, they are for the most part sensitive to the most present strains (according to the analysis of the family tree from the MLVA analysis.