Thèse soutenue

PCR multiplexe et biopuce pour la détection rapide d’agents infectieux
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Auteur / Autrice : Laëtitia Villiers
Direction : Christophe A. Marquette
Type : Thèse de doctorat
Discipline(s) : Biochimie
Date : Soutenance le 08/10/2020
Etablissement(s) : Lyon
Ecole(s) doctorale(s) : École Doctorale Interdisciplinaire Sciences-Santé (Villeurbanne ; 1995-....)
Partenaire(s) de recherche : établissement opérateur d'inscription : Université Claude Bernard (Lyon ; 1971-....)
Laboratoire : ICBMS - Institut de Chimie et Biochimie Moléculaires et Supramoléculaires - UMR 5246 (Villeurbanne, Rhône)
Jury : Président / Présidente : Loïc Blum
Examinateurs / Examinatrices : Christophe A. Marquette, Emmanuelle Laurenceau, Franck Molina, Max Maurin, Carole Chaix
Rapporteurs / Rapporteuses : Emmanuelle Laurenceau, Franck Molina, Max Maurin

Résumé

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Les travaux présentés dans cette thèse ont été réalisés dans le cadre projet Européen H2020 FAPIC (« Fast Assay for Pathogen Identification and Characterization »), dont le but est de développer deux outils de diagnostic automatisés. Chacun permet l’identification au sein d’un seul test de 53 pathogènes et genres bactériens ainsi que l’identification de 40 gènes de résistance, directement à partir d’échantillons de sang. La première partie du travail présenté dans ce manuscrit concerne le processus de sélection des cibles génétiques qui seront détectées avec ce test et la conception des sondes et des amorces ainsi que l’optimisation des protocoles de PCR multiplexes et d’hybridation sur les biopuces. Une deuxième partie de ce manuscrit concerne le développement du logiciel d’analyse afin d’identifier les pathogènes et gènes de résistance à partir des images obtenues sur les biopuces. La reconnaissance des cibles s’effectue à l’aide de seuils d’intensités et/ou à un système de reconnaissance de signatures spécifiques associées à chaque pathogène. La troisième partie des travaux décrit les performances de ce test et l’identification des cibles à partir d’ADN extrait de souches bactériennes, puis provenant d’échantillons de sang artificiellement contaminés et enfin à partir d’échantillons cliniques de patient