Evaluation des risques sanitaires associés à l'exposition des élevages avicoles à l'avifaune sauvage péridomestique. Exemple des élevages conservatoires d'outardes houbara aux Emirats Arabes Unis

Assessment of sanitary risks associated with poultry breedings exposed to peridomestic wildbirds. Example of convervation breedings of Houbara bustards in the United Arab Emirates

• Auteur / Autrice : Julien Hirschinger
• Direction : Jean-Luc Guérin, Guillaume Le Loc'h
• Type : Thèse de doctorat
• Discipline(s) : Pathologie, Toxicologie, Génétique et Nutrition
• Date : Soutenance le 29/06/2020
• Etablissement(s) : Toulouse, INPT
• Ecole(s) doctorale(s) : École doctorale Sciences écologiques, vétérinaires, agronomiques et bioingénieries (Toulouse)
• Partenaire(s) de recherche : Laboratoire : Interactions Hôtes - Agents Pathogènes (Toulouse ; 2003-....) - Interactions hôtes-agents pathogènes [Toulouse] / IHAP
• Jury : Président / Présidente : Christophe Pasquier
• Jury : Examinateurs / Examinatrices : Jean-Luc Guérin, Guillaume Le Loc'h, Marion Vittecoq
• Jury : Rapporteurs / Rapporteuses : Matthieu Guillemain, Emmanuelle Fromont

Mots clés

Mots clés contrôlés

Outarde houbara

Maladie de Newcastle

Grippe aviaire

Aviculture

Risques pour la santé

Mots clés libres

Avifaune péridomestique

Risque sanitaire

Elevage avicole

Influenza aviaire

Maladie de Newcastle

Outarde houbara

Peridomestic widl birds

Sanitary risk

Poultry breeding

Avian influenza

Newcastle disease

Houbara bustard

Résumé

Au sein des élevages avicoles, les oiseaux sauvages sont souvent suspectés de transmettre des agents pathogènes, en particulier les espèces péridomestiques qui peuvent jouer un rôle particulier en tant qu’hôtes relais. Dans cette étude, nous avons exploré le rôle de plusieurs de ces espèces dans l’épidémiologie des virus de l’influenza aviaire et de la maladie de Newcastle sur deux sites d’élevage conservatoire d’outardes Houbara aux Emirats Arabes Unis. Nous avons mis en place une approche multiaxiale et multi-méthodologique afin de caractériser le risque d’introduction et de transmission de ces virus et de formuler une stratégie de gestion sanitaire de ce risque. Dans un premier temps, nous avons décrit les communautés d’oiseaux sauvages présentes sur les sites d’élevages et dans l’environnement proche, afin d’en apprécier richesse et densité mais aussi d’en identifier les espèces dominantes. Nous avons aussi décrit les mouvements de ces espèces dominantes entre les sites d’élevage et les sites avoisinants, afin de caractériser les échanges entre ces différentes entités. Nous avons enfin décrit les mouvements des espèces dominantes à l’intérieur des sites d’élevage dans les zones de volières extérieurs et leurs contacts avec les outardes captives. Parallèlement, nous avons évalué la prévalence des virus étudiés au sein des espèces dominantes et analysé leur dynamique au sein des sites d’élevage. Ensuite, en croisant toutes les données obtenues, nous avons analysé le risque épidémiologique représenté par les espèces dominantes pour les outardes captives en termes d’introduction et de transmission de ces virus. Enfin, en s’appuyant sur les résultats obtenus dans chacun de ces axes, nous avons formulé une stratégie de gestion sanitaire du risque de transmission d’agents pathogènes aux outardes captives par l’avifaune sauvage, répondant ainsi à l’objectif de notre étude.

Within poultry breeding sites, wild birds are often suspected to transmit pathogens, especially peridomestic species which can act as bridge hosts. In this study, we explored the role of a number of these species in the epidemiology of avian influenza and Newcastle disease viruses in two conservation breeding sites of Houbara bustards in the United Arab Emirates. We set up a multiaxial and multi-methodological approach in order to assess the risks of introduction and transmission of these viruses and to formulate a sanitary control strategy of the risks. First, we described the wild birds’ communities within breeding sites and in their surroundings in order to appreciate their richness and density and to identify dominant species. We also described the movements of these dominant species between breeding sites and surrounding ones in order to characterize the exchanges between the two compartments. Finally, we described the movements of dominant species within breeding sites in outdoor aviaries areas and their contacts with captive Houbara bustards. In parallel, we evaluated the prevalence of the studied viruses in dominant species and analysed their dynamics within breeding sites. Then, crossing all these data, we evaluated the epidemiological risks of dominant species to introduce and transmit these viruses to captive Houbara bustards. Finally, taking all our results together, we formulated a sanitary control strategy of the risk of pathogens transmission from wild birds to captive Houbara bustards, reaching our study’s goal.