Thèse soutenue

Aspects cliniques, biologiques et pronostiques de la fièvre de Lassa en contexte endémo-épidémique en Afrique de l’Ouest : exemple du Nigeria
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Auteur / Autrice : Alexandre Duvignaud
Direction : Denis Malvy
Type : Thèse de doctorat
Discipline(s) : Santé publique Epidémiologie
Date : Soutenance le 11/12/2020
Etablissement(s) : Bordeaux
Ecole(s) doctorale(s) : École doctorale Sociétés, politique, santé publique (Bordeaux)
Partenaire(s) de recherche : Laboratoire : Bordeaux population Health
Jury : Président / Présidente : Marie-Edith Lafon
Examinateurs / Examinatrices : Denis Malvy, Marie-Edith Lafon, Emmanuel Bottieau, Xavier de Lamballerie, France Mentré, Pierre Tattevin
Rapporteurs / Rapporteuses : Emmanuel Bottieau, Xavier de Lamballerie

Mots clés

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Résumé

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La fièvre de Lassa, maladie endémique à recrudescence épidémique saisonnière, est avec 300 000 cas et 5000 décès annuels estimés à travers toute l’Afrique de l’Ouest considérée comme une priorité en terme de recherche. Ces dernières années, le Nigeria a rapporté un nombre de cas annuel en constante augmentation, dépassant désormais le millier. Mais cinquante ans après sa découverte, les connaissances sur la maladie restent parcellaires et la recherche clinique peu structurée. L’efficacité du seul traitement recommandé, la ribavirine, est aujourd’hui remise en cause. Il apparait donc urgent de pouvoir disposer de données actualisées, précises et fiables sur la maladie, son cours évolutif, sa prise en charge, son pronostic et les facteurs qui y sont associés. Il est également important que les malades qui en souffrent puissent avoir accès à un standard de soins optimisé. Il est enfin indispensable de développer les capacités de recherche clinique en zone d’endémie.Dans cette thèse, nous faisons une synthèse des connaissances accumulées sur la fièvre de Lassa depuis sa découverte en 1969. Puis nous exposons les raisons qui nous ont conduits à mettre en place un programme de réponse et de recherche sur la fièvre de Lassa. Nous expliquons la démarche suivie pour renforcer le standard de soins et mettre en place une plateforme de recherche clinique en collaboration avec l’un des principaux centres de prise en charge de la fièvre de Lassa au Nigeria. Nous présentons les premiers résultats de l’étude de cohorte prospective LASCOPE qui inaugura ce programme.Entre avril 2018 et mars 2020, ce sont 534 patients atteints de fièvre de Lassa prouvée par RT-PCR qui ont été pris en charge dont 77 (14,4%) sont décédés. 510 participants ont été inclus. Parmi eux on dénombrait 258 hommes et 252 femmes ; 84 étaient des enfants. Le délai médian entre l’apparition des symptômes et l’admission était de 8 jours (IIQ 7-13). A l’admission, 37,8% avaient une valeur de Ct de la RT-PCR du gene GPC du virus de Lassa <30. Entre l’admission et la fin du suivi, 120 (26,5%) ont atteints un score NEWS2 ≥7, 67(13,5%) un stade KDIGO ≥2 et 41 (8,0%) ont été dialysés. Tous ont reçu de la ribavirine pendant une durée médiane de 10 jours (IIQ 9-13). 62 (12,2%) sont décédés (57 [13,4%] adultes, 5 [6,0%] enfants. Le délai médian entre l’admission et le décès était de 3 jours (IIQ 1-6). Les caractéristiques suivantes à l’admission étaient associées à la mortalité en analyse multivariable : l’âge ≥ 45 ans (Odds Ratio ajusté [aOR] 16,30 [IC95% 5,31-50,30]), un score NEWS2 ≥7 (aOR 4,79 [IC95% 1,75-13,10]), un stade KDIGO ≥2 (aOR 7,52 [IC95% 2,66-21,20]), une valeur d’ALAT ≥ 3 fois la limite supérieure de la normale (aOR 4,96 [IC95% 1,69- 14,60]) et une valeur de Ct de la RT-PCR Lassa <30 (aOR 4,65 [IC95% 1,50-14,50]). Ces résultats devraient s’avérer utiles pour la conception de futurs essais cliniques mais aussi pour l’actualisation des recommandations de prise en charge de la maladie. Le cadre de cette étude de cohorte nous a également permis de documenter et décrire une présentation atypique de la maladie, sous la forme d’une paraparésie d’apparition retardée. Cette observation originale vient compléter le spectre évolutif des manifestations neurologiques de la fièvre de Lassa.Deux études complémentaires sont nichées dans la cohorte LASCOPE, portant respectivement sur la pharmacocinétique de la ribavirine telle qu’employée dans le traitement de la fièvre de Lassa et sur la physiopathologie de l’atteinte cardio-circulatoire pouvant survenir au cours de la maladie. Le recrutement dans ces études nichées est toujours en cours.Enfin, un essai clinique de phase II évaluant la pharmacocinétique, la sécurité et la tolérance d’un nouvel antiviral, le favipiravir, pour le traitement de la fièvre de Lassa est également en cours de mise en place sur deux sites au Nigeria dont celui avec lequel nous collaborons.