Génomique des mycobactéries : un outil puissant pour la routine diagnostique
Auteur / Autrice : | Jamal Saad |
Direction : | Michel Drancourt |
Type : | Thèse de doctorat |
Discipline(s) : | Biologie santé. Maladies infectieuses |
Date : | Soutenance le 26/11/2020 |
Etablissement(s) : | Aix-Marseille |
Ecole(s) doctorale(s) : | Ecole Doctorale Sciences de la Vie et de la Santé (Marseille) |
Partenaire(s) de recherche : | Equipe de recherche : Mephi (Marseille) |
Laboratoire : Méditerranée Infection | |
Jury : | Président / Présidente : Fabienne Bregeon |
Rapporteurs / Rapporteuses : Marie Kempf, Max Maurin |
Mots clés
Mots clés libres
Résumé
Au cours de notre Thèse, nous avons développé des approches originales permettant l'application du séquençage génomique pour le diagnostic en routine des infections humaines et animales par les mycobactéries. Ainsi, nous avons développé une nouvelle technique de séquençage génomique directement à partir des prélèvements, permettant de les enrichir en génome d’intérêt par l’utilisation de billes magnétiques. Ensuite, nous avons étudié les génomes de 92 souches de Mycobacterium tuberculosis isolées à l’IHU pendant une période de trois ans consécutifs, afin de contribuer à comprendre les causes de l’augmentation significative de l’incidence de la tuberculose pulmonaire dans la région Aix-Marseille entre 2017 et 2019. Dans ce travail, nous avons montré qu’une double polyclonalité (expansion de clones et apparition de nouveaux clones) était corrélée à cette augmentation, et aux migrations à partir des pays d’origine des patients. En parallèle, nous avons implanté le séquençage génomique comme méthode de routine pour détecter la sensibilité aux antibiotiques des isolats de M. tuberculosis, en particulier aux antibiotiquess antilépreux que les équipes de l’IHU ont avons récemment proposé de repositionner pour le traitement de la tuberculose pulmonaire. Ces différentes méthodes ont ensuite été appliquées à l’étude de la tuberculose humaine et bovine en Algérie, en Tunisie et au Cap Vert. Une partie de notre Thèse a été consacrée à la caractérisation de mycobactéries non tuberculeuses d'intérêt médical comme Mycobacterium tilburgii, Mycobacterium ulcerans, Mycobacterium abscessus, Mycobacterium shimiodae et Mycobacterium parafortuitum.