Thèse soutenue

Les Ruminococcines C, une nouvelle famille de sactipeptides comme alternatives aux antibiotiques conventionnels

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Auteur / Autrice : Clarisse Roblin
Direction : Josette PerrierMickaël Lafond
Type : Thèse de doctorat
Discipline(s) : Sciences de la vie et de la santé. Microbiologie
Date : Soutenance le 14/09/2020
Etablissement(s) : Aix-Marseille
Ecole(s) doctorale(s) : Ecole Doctorale Sciences de la Vie et de la Santé (Marseille)
Partenaire(s) de recherche : Laboratoire : Institut des sciences moléculaires de Marseille (ISM2)
Jury : Président / Présidente : Marc Fontecave
Examinateurs / Examinatrices : Patrice Polard, Estelle Devillard, Victor Duarte
Rapporteurs / Rapporteuses : Lhousseine Touqui, Sylvie Rebuffat

Résumé

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La résistance aux antibiotiques est considérée par l’Organisation Mondiale de la Santé comme une des plus sérieuses menaces de santé publique. Dans ce contexte, des alternatives aux antibiotiques sont activement étudiées, telles que les peptides synthétisés par voie ribosomale et modifiés post-traductionnellement (RiPPs). Mon projet de thèse a porté sur les Ruminococcines C (RumC), une famille de RiPPs produite par la souche E1 de Ruminococcus gnavus, un des membres proéminents du microbiote intestinal humain. Ces RiPPs sont produits uniquement dans un contexte symbiotique avec un hôte animal. Un protocole d’extraction de RumC a donc été établi à partir de contenus caecaux de rats mono-colonisés par R. gnavus E1. La caractérisation des modifications post-traductionnelles des 5 isoformes de RumC et la résolution de la structure tridimensionnelle de l’isoforme RumC1 a permis de classifier RumC comme une nouvelle famille de sactipeptides. D’autre part, la caractérisation biologique de RumC1 a démontré une forte activité antibiotique in vitro contre des pathogènes à Gram-positif. Le traitement avec RumC1 sur un modèle murin de péritonite létale, causée par Clostridium perfringens, a montré son efficacité antibactérienne in vivo. Enfin, RumC1 présente des caractéristiques propres et indispensables aux développements de médicaments comme la résistance à des traitements protéolytique ou physico-chimique ; une absence de toxicité sur tissus humains ; une faible propension à générer de la résistance; et une affinité supérieure pour les cellules procaryotes qu’eucaryotes. Par conséquent, RumC1 semble être un bon candidat pour le développement d’alternatives aux antibiotiques