Infections des populations du passé : développement et application d'une approche originale de paléoépidémiologie intégrative

Infections of past populations : development and application of an original approach of integrative paleoepidemiology

• Auteur / Autrice : Avril Meffray
• Direction : Philippe Biagini, Yann Ardagna
• Type : Thèse de doctorat
• Discipline(s) : Anthropologie biologique
• Date : Soutenance le 30/06/2020
• Etablissement(s) : Aix-Marseille
• Ecole(s) doctorale(s) : École doctorale Sciences de l'Environnement (Aix-en-Provence ; 1996-....)
• Partenaire(s) de recherche : Laboratoire : Anthropologie bio-culturelle, droit, éthique et santé (Marseille)
• Jury : Président / Présidente : Michel Signoli
• Jury : Examinateurs / Examinatrices : Maria-Teresa Ferreira, Christine Keyser, Cécile Chapelain de Seréville-Niel, Catherine Theves, Tosha L. Dupras
• Jury : Rapporteur / Rapporteuse : Maria-Teresa Ferreira, Christine Keyser

Mots clés

Mots clés contrôlés

Infection

ADN ancien

Épidémiologie

Microbiologie

Paléopathologie

Pathocénoses

Mots clés libres

Paléopathologie

Paléomicrobiologie

Paléoépidémiologie

Pathocénose

ADN ancien

Infections

Paleopathology

Paleomicrobiology

Paleoepidemiology

Pathocenosis

Ancient DNA

Infectious diseases

Résumé

La restitution des environnements infectieux propres aux populations anciennes et de l’influence qu’incarnaient les infections sur leur état sanitaire représentent des pierres angulaires de notre connaissance des sociétés passées. L'objectif de cette recherche doctorale est de développer et mettre en œuvre une nouvelle approche d’étude des maladies infectieuses dans le passé : la paléoépidémiologie intégrative. Il s’agit, pour une collection ostéoarchéologique, de combiner l’étude paléoépidémiologique macroscopique dite classique avec une approche microbiologique « populationnelle ». Cette approche paléomicrobiologique rend ainsi possible l’estimation de prévalences infectieuses plus proches de la réalité épidémiologique de nos échantillons, en révélant la part des infections silencieuses présentes dans les corpus. La mise en œuvre de cette approche pour l’étude de quatre séries ostéoarchéologiques issues de contextes chronogéographiques variés a notamment démontré son potentiel dans le cadre des recherches sur les maladies infectieuses dans le passé, en prouvant la présence de nombreuses infections parmi les individus étudiés. In fine, au vu de leur complémentarité et de la richesse des données qu’elles apportent, l’intégration de la paléopathologie et de la paléomicrobiologie au sein d’une même approche s’inscrit dans l’avenir de l’étude des contextes infectieux du passé. Le développement de la paléoépidémiologie intégrative s’entrevoit dans une perspective interdisciplinaire, visant à croiser les sciences biologiques aux sciences humaines et sociales, afin d’améliorer notre compréhension des communautés de maladies qui se sont imposées aux populations du passé.

The reconstruction of the infectious environments of ancient populations and the influence that infections had on their health status are cornerstones of our knowledge of past societies. The purpose of this doctoral research is to develop and implement a new approach to the study of infectious diseases in the past: integrative paleoepidemiology. For an osteoarchaeological collection, the aim is to combine the so-called classical macroscopic paleoepidemiological study with a ''population-based'' microbiological approach. This paleomicrobiological approach thus makes it possible to estimate infectious prevalences closer to the epidemiological reality of our samples, by revealing the proportion of ''silent'' infections present in the corpus. The implementation of this approach for the study of four osteoarcheological series from various chrono-geographic contexts has notably demonstrated its potential in the context of research on infectious diseases in the past, by proving the presence of numerous infections among the individuals studied. Finally, given their obvious complementarity and the wealth of data they provide, the integration of paleopathology and paleomicrobiology within a single approach is part of the future of the study of past infectious contexts. Forthcoming developments of integrative paleo-epidemiology can be foreseen from a resolutely interdisciplinary perspective, aiming to cross the biological sciences with the human and social sciences, in order to improve our understanding of the communities of diseases that have imposed themselves on past populations.