Thèse soutenue

Caractérisation transcriptomique des cellules lymphoïdes innées
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Auteur / Autrice : Adeline Crinier
Direction : Éric VivierÉmilie Narni-Mancinelli
Type : Thèse de doctorat
Discipline(s) : Immunologie
Date : Soutenance le 24/06/2020
Etablissement(s) : Aix-Marseille
Ecole(s) doctorale(s) : Ecole Doctorale Sciences de la Vie et de la Santé (Marseille)
Partenaire(s) de recherche : Laboratoire : Centre d'Immunologie Marseille-Luminy (CIML)
Jury : Président / Présidente : Franck Galland
Examinateurs / Examinatrices : Nadine Cerf-Bensussan
Rapporteurs / Rapporteuses : Camilla Jandus, Anne Caignard

Résumé

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Les cellules NK et les ILC auxiliaires (ILC1, ILC2, ILC3) font partie de la famille des cellules lymphoïdes innées (ILC). Le séquençage sur cellules uniques (scRNAseq) est un outil puissant dont les applications ont des implications significatives dans la recherche fondamentale et clinique.Par scRNAseq, nous avons identifié 3 populations de cellules NK spléniques chez la souris et 4 chez l'homme, et 2 dans le sang chez l’homme et la souris. Les profils transcriptomiques des deux populations principales, NK1 (ressemblant aux cellules NK CD56dim chez l'homme et CD27-CD11b+ chez la souris) et NK2 (ressemblant aux cellules NK CD56bright et CD27- CD11b+), sont similaires entre les organes et les espèces.Dans la moelle osseuse chez l’homme, notre deuxième étude a confirmé la présence des populations NK1 et NK2 et a caractérisé une seconde population de cellules NK CD56bright (NK0) comme étant précurseur des cellules NK circulantes CD56bright-NK2 et CD56dim-NK1. Chez les patients souffrant d’une leucémie myéloïde aiguë (LAM), les profils transcriptomiques des cellules NK sont altérés, avec une répression des fonctions effectrices induite par le stress. Dans la tumeur chez les patients atteints de cancer colorectal (CCR), nous avons observé une seconde population d’ILC1 et des ILC2 infiltrantes absentes du tissu sain. De plus, les ILC tumorales et sanguines des patients atteints de CCR expriment des niveaux plus élevés de SLAMF1. Enfin, une plus forte expression de SLAMF1 est associée à un taux de survie plus élevé chez des patients atteints de cancer du rectum. SLAMF1 est donc un biomarqueur du CCR.