Thèse soutenue

Détection, caractérisation et comparaison des interactions protéine - ligand
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Auteur / Autrice : Nicolas Shinada
Direction : Alexandre de Brevern
Type : Thèse de doctorat
Discipline(s) : Aspects moléculaires et cellulaires de la biologie. Biothérapie
Date : Soutenance le 28/01/2019
Etablissement(s) : Sorbonne Paris Cité
Ecole(s) doctorale(s) : École doctorale Hématologie, oncogenèse et biothérapies (Paris ; 2014-....)
Partenaire(s) de recherche : Laboratoire : Biologie intégrée du globule rouge (Paris ; 2014-....)
établissement de préparation : Université Paris Diderot - Paris 7 (1970-2019)
Jury : Président / Présidente : Fernando Rodrigues-Lima
Examinateurs / Examinatrices : Alexandre de Brevern, Fernando Rodrigues-Lima, Pascal Bonnet, Dominique Douguet, Olivier Sperandio, Francine Acher
Rapporteurs / Rapporteuses : Pascal Bonnet, Dominique Douguet

Mots clés

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Résumé

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Appréhender le mécanisme fin de la liaison d’un ligand sur sa protéine est un enjeu majeur de l’industrie pharmaceutique. L’objectif principale de cette thèse est d’améliorer la compréhension de ce mécanisme par l’étude des interactions moléculaires. A cette fin, une méthode de détection de contacts à grande échelle fut mise en place. Les premiers chapitres illustrent les différents types d’interaction recensés dans la littérature ainsi que les outils qui ont été développés au cours de cette thèse pour en permettre l’analyse. A l’aide des contacts générés par notre méthode, une analyse exhaustive a été réalisée sur un ensemble de complexe protéine - ligand caractérisant l’environnement d’interaction des atomes halogènes. Les résultats obtenus mettent en avant la complexité de la description des interactions dans un contexte protéine - ligand. Une analyse structurale des modes de liaison des ligands issus de la PDB a été effectuée pour évaluer de manière quantitative cette diversité. Un travail spécifique sur ka redondance importante des représentations de complexes protéine - ligand a été effectué amenant une stratégie innovante dédiée aux complexes protéine - ligand. L’interaction et la fonction d’une protéine étant très étroitement liée à sa structure, le comportement dynamique des structures hélicoïdales dans les protéines a été étudiée. L’utilisation d’une méthode de regroupement met en évidence une stabilité jusque-là peu soupçonnée des hélices les plus rares.