Thèse soutenue

Méthodes robustes en traitement d'image pour la détection et la caractérisation d'objets compacts : application à la biologie
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Auteur / Autrice : Ambroise Marin
Direction : Paul MolinLudovic Journaux
Type : Thèse de doctorat
Discipline(s) : Génie informatique, automatique et traitement du signal
Date : Soutenance le 05/07/2019
Etablissement(s) : Bourgogne Franche-Comté
Ecole(s) doctorale(s) : École doctorale Environnements, Santé (Dijon ; Besançon ; 2012-....)
Partenaire(s) de recherche : Laboratoire : Procédés Alimentaires et Microbiologiques (PAM) (Dijon)
Jury : Président / Présidente : John Aldo Lee
Examinateurs / Examinatrices : Fan Yang
Rapporteurs / Rapporteuses : Ludovic Macaire, Frédéric Morain-Nicolier

Mots clés

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Mots clés contrôlés

Résumé

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Dans le domaine de la microbiologie, de nombreuses expériences se basent sur une fine observation des micro-organismes. De par leur intérêt dans le développement de procédés agroalimentaires modernes, il est important d’étudier leur développement et leur taux de survie dans des conditions environnementales spécifiques telles que des stress osmotiques ou thermiques. L’imagerie microscopique est un des outils les plus utilisés pour observer les micro-organismes. L’interprétation manuelle des images acquises pose des problèmes de subjectivité, de coût et reproductibilité. Cette thèse propose le développement d’outils d’analyse d’image standardisés permettant l’interprétation des images à deux échelles :- A l’échelle de la lame d’observations : l’utilisation de lames de comptage spécifiques (Malassez) permet, à partir du comptage des cellules présente dans la zone d’intérêt de la lame, de déduire la concentration cellulaire d’une solution de Saccharomyces cerevisiae soumises à un stress osmotique. Les outils développés permettent l’identification et la caractérisation de cette zone d’intérêt (grille) puis le comptage précis des cellules.- A l’échelle de la cellule : une souche mutante de Saccharomyces cerevisiae permet d’observer en fluorescence la protéine Pab1p-GFP impliquée dans la formation d’agrégats ribo-nucléoprotéiques intracellulaires consécutifs à un stress thermique. Les outils développés permettent d’obtenir une vue statistique du développement de ces agrégats grâce à l’automatisation de l’estimation de leur nombre pour un très grand nombre de cellules.