Maitrise des risques de contamination des produits alimentaires tunisiens par le groupe Bacillus cereus

Contamination risks control of food products by B. cereus group.

• Auteur / Autrice : Maroua Gdoura épouse Ben Amor
• Direction : Michel Gautier, Maroua Gdoura
• Type : Thèse de doctorat
• Discipline(s) : Biochimie, biologie moléculaire et cellulaire
• Date : Soutenance le 29/10/2019
• Etablissement(s) : Rennes, Agrocampus Ouest en cotutelle avec Université de Sfax. Faculté des sciences
• Ecole(s) doctorale(s) : École doctorale Écologie Géosciences Agronomie Alimentation (Rennes ; 2016-2022)
• Partenaire(s) de recherche : Laboratoire : Science et Technologie du Lait et de l'Oeuf / STLO
• Jury : Examinateurs / Examinatrices : Maroua Gdoura

Mots clés

Mots clés libres

Groupe Bacillus cereus

Aliments

Risque

Diversité

Biofilm

Bactériophages

Biocontrôle

Tunisie

Bacillus cereus group

Food

Risk

Diversity

Biofilm

Bacteriophages

Biocontrol

Tunisia

Résumé

Cette thèse s’est intéressée à évaluer le niveau de risque représenté par les bactéries du groupe Bacillus cereus dans des aliments tunisiens et à tester l’efficacité de leur contrôle par le traitement des surfaces industrielles par des bactériophages. Une collection de 191 isolats a été créée à partir de 687 matrices alimentaires. Près de 40 % des isolats se sont avérés appartenir au groupe, avec une forte diversité génétique (143 profils PFGE et 99 profils ERIC-PCR) et un profil thermique intermédiaire (signatures 16S rDNA-1 m et-2 p). Près de 60 % des isolats du groupe appartiennent au groupe phylogénétique III, potentiellement pathogène. Les spores présentent majoritairement un taux d’adhésion plus fort que les cellules végétatives. Douze groupes toxinogènes ont été mis en évidence.Au moins un des gènes de chacun des complexes NHE et HBL sont présents, associés ou non à bceT, cytK 2 et ces. Après 18 h d’incubation à 30°C, près de 71% des isolats sont cytotoxiques. Différentes combinaisons de facteurs de virulence sont associées au potentiel cytotoxique et un lien apparait clairement entre cytotoxicité et type d’aliment. La collection s’est montrée sensible à de nombreux antibiotiques, alors qu’elle présente une résistance à l'ampicilline et à la novobiocine. Sur les 7 bactériophages sélectionnés, 5 possèdent un profil protéique unique alors qu’ils présentent tous une taille de génome et des profils de restriction similaires. Ils permettent de prévenir et de les traiter la formation de biofilms. Ce travail confirme le risque sanitaire lié à la présence du groupe B. cer

This thesis focused on evaluating the level of risk represented by Bacillus cereus group bacteria in Tunisian food and testing the effectiveness of their control by treating industrial surfaces with bacteriophages. A collection of 191 isolates was created from 687 food matrices. Nearly 40% of the isolates were found to belong to the group, with high genetic diversity (143 PFGE profiles and 99 ERIC-PCR profiles) and an intermediate thermal profile (signatures 16S rDNA-1 m and-2 p). Nearly 60% of the group's isolates belong to the phylogenetic group III, which is potentially pathogenic. Spores have a higher rate of adhesion than vegetative cells. Twelve toxigenic groups have been identified.At least one of the genes of each of the NHE and HBL complexes are present, whether or not associated with bceT, cytK 2 and these. After 18 hours of incubation at 30°C, nearly 71% of the isolates are cytotoxic. Different combinations of virulence factors are associated with cytotoxic potential and a clear link appears between cytotoxicity and food type. The collection has been shown to be sensitive to many antibiotics, while it is resistant to ampicillin and novobiocin. Of the 7 bacteriophages selected, 5 have a unique protein profile while all have similar genome size and restriction profiles. They are used to prevent the formation of biofilms and to treat them. This work confirms the health risk associated with the presence of the B. cereus group in Tunisian foods and the promising role of bacteriophages as biocontrol tools.