Thèse soutenue

Microbiote intestinal chez le porc, facteurs de variation et relations avecles performances des animaux
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Auteur / Autrice : Mathilde Le Sciellour Hazon
Direction : David RenaudeauOlivier Zemb
Type : Thèse de doctorat
Discipline(s) : Biologie et physiologie animales
Date : Soutenance le 29/10/2019
Etablissement(s) : Rennes, Agrocampus Ouest
Ecole(s) doctorale(s) : École doctorale Écologie Géosciences Agronomie Alimentation (Rennes ; 2016-2022)
Partenaire(s) de recherche : Laboratoire : Physiologie- Environnement et Génétique pour l'Animal et les Systèmes d'Elevage [Rennes] / PEGASE
Jury : Président / Présidente : Lucile Montagne

Résumé

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L’amélioration de l’efficacité alimentaire (EA) est un enjeu important pour la filière porcine. L’EA est un phénotype complexe faisant intervenir un grand nombre de fonctions chez le porc. Au travers son rôle dans le métabolisme de son hôte et le maintien de sa santé, le microbiote intestinal est susceptible d’impacter les performances de l’hôte et en particulier son EA. Ce travail de thèse vise à étudier les modifications de composition du microbiote intestinal du porc soumis à différents facteurs environnementaux et à évaluer les relations entre cette composition microbienne et les performances de l’hôte. Pour cela, les données de trois études réalisées sur des porcs en croissance-finition (entre 60 et 1 200 porcs par étude) soumis à des perturbations de natures différentes (aliment riche en fibres, aliment contaminé par des mycotoxines (DON) ou exposition à un stress thermique chronique ou aigu) ont été utilisées. L’analyse du microbiote a été réalisée sur la base de prélèvements dede fèces obtenus avant et après les perturbations. Parallèlement, des phénotypes en lien avec l’EA de l’hôte ont été mesurés afin d’évaluer et quantifier les relations entre les performances du porc et son microbiote intestinal. L’analyse bio-informatique et statistique approfondie des données microbiennes a montré que les perturbations environnementales impactent la composition du microbiote fécal mais que cet effet n’est généralement que transitoire. Selon la nature du challenge (régime alimentaire standard vs. riche en fibre, exposition à un stress thermique chronique ou aigu, et aliment