Auteur / Autrice : | Mathilde Le Sciellour Hazon |
Direction : | David Renaudeau, Olivier Zemb |
Type : | Thèse de doctorat |
Discipline(s) : | Biologie et physiologie animales |
Date : | Soutenance le 29/10/2019 |
Etablissement(s) : | Rennes, Agrocampus Ouest |
Ecole(s) doctorale(s) : | École doctorale Écologie Géosciences Agronomie Alimentation (Rennes ; 2016-2022) |
Partenaire(s) de recherche : | Laboratoire : Physiologie- Environnement et Génétique pour l'Animal et les Systèmes d'Elevage [Rennes] / PEGASE |
Jury : | Président / Présidente : Lucile Montagne |
Mots clés
Résumé
L’amélioration de l’efficacité alimentaire (EA) est un enjeu important pour la filière porcine. L’EA est un phénotype complexe faisant intervenir un grand nombre de fonctions chez le porc. Au travers son rôle dans le métabolisme de son hôte et le maintien de sa santé, le microbiote intestinal est susceptible d’impacter les performances de l’hôte et en particulier son EA. Ce travail de thèse vise à étudier les modifications de composition du microbiote intestinal du porc soumis à différents facteurs environnementaux et à évaluer les relations entre cette composition microbienne et les performances de l’hôte. Pour cela, les données de trois études réalisées sur des porcs en croissance-finition (entre 60 et 1 200 porcs par étude) soumis à des perturbations de natures différentes (aliment riche en fibres, aliment contaminé par des mycotoxines (DON) ou exposition à un stress thermique chronique ou aigu) ont été utilisées. L’analyse du microbiote a été réalisée sur la base de prélèvements dede fèces obtenus avant et après les perturbations. Parallèlement, des phénotypes en lien avec l’EA de l’hôte ont été mesurés afin d’évaluer et quantifier les relations entre les performances du porc et son microbiote intestinal. L’analyse bio-informatique et statistique approfondie des données microbiennes a montré que les perturbations environnementales impactent la composition du microbiote fécal mais que cet effet n’est généralement que transitoire. Selon la nature du challenge (régime alimentaire standard vs. riche en fibre, exposition à un stress thermique chronique ou aigu, et aliment