Etude des causes génétiques de dérégulation du métabolisme de la vitamine D

Study of genetic causes of vitamin D metabolism dysregulation

• Auteur / Autrice : Arnaud Molin
• Direction : Hervé Mittre, Marie-Laure Kottler
• Type : Thèse de doctorat
• Discipline(s) : Aspects moleculaires et cellulaires de la biologie
• Date : Soutenance le 09/10/2019
• Etablissement(s) : Normandie
• Ecole(s) doctorale(s) : École doctorale Normande de biologie intégrative, santé, environnement (Mont-Saint-Aignan, Seine-Maritime)
• Partenaire(s) de recherche : Laboratoire : Oestrogènes, reproduction, cancer (Caen ; 1998-....)
• Partenaire(s) de recherche : établissement de préparation : Université de Caen Normandie (1971-....)
• Jury : Président / Présidente : Justine Bacchetta
• Jury : Examinateurs / Examinatrices : Hervé Mittre, Marie-Laure Kottler, Pascal Houillier, Véronique David, Caroline Silve, Christian Marcelli
• Jury : Rapporteur / Rapporteuse : Pascal Houillier, Véronique David

Mots clés

Mots clés contrôlés

Rachitisme

Hypercalcémie

Génétique

Vitamines D -- Métabolisme

Mots clés libres

Vitamine D

Vitamin D

Genetics

Hypercalcemia

Rickets

Résumé

La vitamine D (D3 ou cholécalciférol du règne animal et D2 ou ergostérol du règne végétal) est une hormone pléiotrope qui possède de nombreux effets biologiques incluant la régulation du métabolisme du calcium et du phosphate. Chez l’Homme, ce composé est synthétisé au niveau cutané sous forme inactive. On décrit ainsi le métabolisme de la vitamine D qui conduit à la production de métabolites actifs (par les vitamine D 25- et 1α-hydroxylases codées par les gènes CYP2R1 et CYP27B1) et à leur dégradation par la vitamine D 24-hydroxylase (gène CYP24A1). L’expression des vitamine 1α- et 24-hydroxylases est finement et inversement régulée afin de maintenir l’homéostasie phosphocalcique, grâce à plusieurs boucles de rétrocontrôle impliquant entre autres la forme 1,25-dihydroxylée de la vitamine D et son récepteur VDR, la calcémie et la parathormone, la phosphatémie et le FGF23. La carence en vitamine D et les défauts de son activation sont associés à un phénotype de rachitisme, tandis que les excès en vitamine D sont associés à un phénotype d’hypercalcémie-hypercalciurie par intoxication (surdosage) ou hypersensibilité à la vitamine D (excès d’activation ou défaut de dégradation).L’objectif de ce travail de thèse est d’identifier des causes génétiques de dérégulation du métabolisme de la vitamine D et de préciser leurs mécanismes physiopathologiques par une description précise du phénotype associé. Pour ce faire, nous avons utilisé de façon conjointe les outils de la génétique (séquençage nouvelle génération et Sanger) et de la biochimie (dosage des métabolites) dans une cohorte de patients recrutés grâce au centre de référence maladies rares du métabolisme du calcium et du phosphate.Ce travail a permis de préciser le rôle de deux gènes dans les maladies liées à la dérégulation métabolisme de la vitamine D, CYP2R1 et CYP24A1, par la mise en évidence de mutations perte de fonction chez des patients avec un phénotype de rachitisme à 25-hydroxyvitamine D basse et d’hypersensibilité à la vitamine D respectivement. Notre étude a permis aussi de préciser le phénotype de ces affections. Dans la cohorte des patients étudiés, l’identification de mutations de gènes impactant le métabolisme du phosphate (SLC34A1 et SLC34A3), souligne l’intérêt de l’étude des facteurs régulateurs des activités vitamine D 1α- et 24-hydroxylases.Aucune variation significative dans les régions promotrices proximales de CYP27B1 et CYP24A1 n’a été identifiée. Le peu de connaissances sur l’ensemble des éléments régulateurs chez l’Homme n’a pas permis d’approfondir notre étude. L’identification et l’étude de ces éléments régulateurs distaux permettra de déterminer leur implication dans les maladies rares du métabolisme de la vitamine D.

The vitamin D (D3 or cholecalciferol from animal kingdom and D2 or ergosterol from plan kingdom) is a pleiotropic hormone who has numerous biological effects including the regulation of calcium and phosphate metabolism. In humans, this compound is synthetized in skin in an inactive form. Thus, we call vitamin D metabolism the biological process which leads to the production of active metabolites (by enzymes 25- and 1α-hydroxylases encoded by CYP2R1 and CYP27B1 genes) and its degradation by vitamin D 24-hydroxylase (gene CYP24A1). The expression of 1α- and 24-hydroxylases is tightly and inversely regulated to maintain calcium and phosphate homeostasis, thanks to several feedback loops including 1,25-dihydroxyvitamin D and its receptor VDR, serum calcium and parathormone, serum phosphate and FGF23. Vitamin D deficiency and vitamin D activation deficiency are associated with rickets, while vitamin D excess are associated with hypercalcemia-hypercalciuria due to vitamin D intoxication (overdose) or hypersensitivity to vitamin D (activation excess or degradation deficiency).Our aim is to identify genetic causes of vitamin D metabolism deregulation and to specify pathophysiologic mechanisms describing phenotype. Thus, we jointly used the tools of genetics (next-generation and Sanger sequencing) and biochemistry (vitamin D metabolites assay) in a cohort of human patients ascertained thanks to the national center for rare diseases of calcium and phosphate metabolism.This work allowed us to specify the role of two genes in diseases of vitamin D metabolism, CYP2R1 and CYP24A1, showing loss of function mutations in patients with rickets and low 25-hydroxyvitamin D and hypersensitivity to vitamin D, respectively. Our study brought new phenotypic elements in these affections. In our cohort of patients, the identification of mutations leading to phosphate deregulation (in SLC34A1 and SLC34A3) highlights the putative role of regulators of vitamin D 1α- and 24-hydroxylases activities in pathophysiology.No significant variation have been identified in the proximal promoting regions of CYP27B1 and CYP24A1. We could not go further considering the lack of knowledge in regulating regions and factors in humans. Identifying distal regulators will allow to study their implication in rare diseases of vitamin D metabolism.