Dynamique spatio-temporelle et écologie des méningites bactériennes en dehors de la ceinture de la méningite en Afrique : cas de la République démocratique du Congo

Space-time dynamics and ecology of meningitis bacteria outside the belt of meningitis in Africa : the case of the Democratic Republic of Congo

• Auteur / Autrice : Serge Mazamay Ikony Engo
• Direction : Jean-François Guégan, Jean-Jacques Muyembe Tamfum
• Type : Thèse de doctorat
• Discipline(s) : Ecologie de la santé
• Date : Soutenance le 18/12/2019
• Etablissement(s) : Montpellier en cotutelle avec Université de Kinshasa
• Ecole(s) doctorale(s) : GAIA (Montpellier ; École Doctorale ; 2015-...)
• Partenaire(s) de recherche : Laboratoire : Maladies infectieuses et vecteurs : écologie, génétique, évolution et contrôle (Montpellier)
• Jury : Président / Présidente : Thierry De Meeûs
• Jury : Examinateurs / Examinatrices : Jean-François Guégan, Jean-Jacques Muyembe Tamfum, Thierry De Meeûs, Judith Elisabeth Müller, Bernard Cazelles, Didier Bompangue Nkoko
• Jury : Rapporteurs / Rapporteuses : Judith Elisabeth Müller, Bernard Cazelles

Mots clés

Mots clés contrôlés

Écologie bactérienne

Méningite infectieuse

Congo (République démocratique)

Méningite

Mots clés libres

Ceinture de la méningite

République démocratique du congo

Ecologie

Méningites bactériennes

Spatio-Temporelle

Democratic republic of congo

Ecology

Space-Time

Meningitis Bacteria

Belt of meningitis

Résumé

Les méningites bactériennes restent un problème de santé publique internationale avec un fardeau principalement localisé en Afrique. Elles sont principalement dues à trois bactéries : Neisseria meningitidis (Nm), Streptococcus pneunomiae (Sp) et Haemophilus influenzae type b (Hib), le rhino-pharynx de l’homme étant la niche écologique des bactéries. La transmission est aérienne, directe, interhumaine ou par contact avec les sécrétions respiratoires du malade ou du porteur sain.Alors que la ceinture de la méningite qui s’étend du Sénégal jusqu’à l’Éthiopie, est largement étudiée, l’écologie des méningites en dehors de cette zone particulière est encore peu connue. L’objectif de cette thèse est d’explorer l’écologie des méningites bactériennes en République démocratique du Congo (RDC) à partir des données épidémiologiques, génétiques et socio-environnementales pour la période de 2000-2018. En dépit du faible taux de confirmation biologique des cas (14%), nous avons identifié des zones de santé à risque, regroupées en 8 clusters spatiaux. Ces clusters nous ont permis de mettre en évidence une saisonnalité des méningites bactériennes peu marquée et variable d’une région à une autre en RDC, ce qui contraste avec les dynamiques décrites dans la ceinture de la méningite. Les zones urbanisées où les populations montrent un indice économique de bien-être médiocre à bas, de latitude et de longitude élevées, d’altitude moyenne à faible, de végétation constituée de savanes ou de savanes arborées, à valeurs moyennes de température, constituent autant de facteurs de risque importants, seuls ou en synergie, pour expliquer les cas de méningites en RDC. La distribution d’aérosols et de poussières sur le territoire congolais précède d’environ 2 à 3 semaines les démarrages épidémiques de méningites bactériennes, et ce pour deux catégories de regroupements mensuels (i.e. décembre à février et mai à septembre). Ces résultats laissent préfigurer une possibilité de mise au point d’un système d’alerte précoce. Au final, nous proposons un modèle conceptuel explicatif des méningites en RDC dont le rythme d’apparition des premiers cas est bien régulé par les déplacements de poussières et d’aérosols sur le pays. La reconnaissance de méningites bactériennes comme priorités internationales notamment en dehors de la ceinture dont les caractéristiques restent encore à mieux comprendre, pourrait contribuer à l’atteinte des objectifs du développement durable, et plus particulièrement de ceux qui concernent l’ODD 3 « santé et bien-être pour toutes et tous ».

Bacterial meningitis remains an international public health problem with a major burden in Africa. They are mainly due to three bacteria: Neisseria meningitidis (Nm), Streptococcus pneunomiae (Sp) and Haemophilus influenzae type b (Hib), the human rhino-pharynx being the ecological niche of bacteria. The transmission is aerial, direct, interhuman or by contact with the respiratory secretions of the patient or the healthy carrier. While the meningitis belt stretching from Senegal to Ethiopia is widely studied, the ecology of meningitis outside this particular area is still poorly understood. The aim of this thesis is to explore the ecology of bacterial meningitis in the Democratic Republic of Congo (DRC) based on epidemiological, genetic and socio-environmental data for the period 2000-2018. Despite the low rate of biological confirmation of cases (14%), we identified risk health zones, grouped into 8 spatial clusters. These clusters allowed us to highlight a seasonality of bacterial meningitis that is not very marked and which is variable from one region to another in the DRC, in contrast with the strong seasonality described in the meningitis belt. Urbanized areas where populations show a low economic index of well-being, high latitude and longitude, medium to low altitude, with savannah vegetation, with medium temperatures, are significant risk factors, alone or in synergy, to explain meningitis cases in the DRC. The distribution of aerosols and dust on the Congolese territory occurs about two to three weeks before the epidemic outbreaks of bacterial meningitis for two categories of monthly groupings (December to February and May to September). These results foreshadow the possibility of developing an early warning system. Finally, we propose an explanatory conceptual model of meningitis in the DRC whose rate of occurrence of the first cases is well regulated by the movement of dust and aerosols over the country.The recognition of bacterial meningitis as an international priority, particularly outside the belt, whose characteristics are yet to be better understood, could contribute to the achievement of the objectives of sustainable development, and more particularly those related to SDG 3 "health and well -being for everyone ".