Colonisation digestive par entérobactéries productrices de carbapénémase dans un modèle murin : aggravation de la pneumopathie à Pseudomonas aeruginosa

Gut colonization with carbapenemase-producing Enterobacteriaceae : severity increase of Pseudomonas aeruginosa pneumonia

• Auteur / Autrice : Rémi Le Guern
• Direction : Rodrigue Dessein
• Type : Thèse de doctorat
• Discipline(s) : Bactériologie
• Date : Soutenance le 03/12/2019
• Etablissement(s) : Université de Lille (2018-2021)
• Ecole(s) doctorale(s) : École doctorale Biologie-Santé (Lille ; 2000-....)
• Partenaire(s) de recherche : Laboratoire : Recherche translationelle relations hôte-pathogènes (Lille) - Recherche translationelle relations hôte-pathogènes

Mots clés

Mots clés contrôlés

Enterobacteriaceae résistantes aux carbapénèmes

Modèles animaux

Klebsiella pneumoniae

Clindamycine

Sérotonine

Tryptophane

Métabolomique

Dissertation universitaire

Métagénomique

Expérimentation animale

Klebsiella pneumoniae

Clindamycine

Sérotonine

Tryptophane

Métabolomique

Métagénomique

Mots clés libres

Muribaculum

Muribaculaceae

S24-7

Métagénomique

Métabolomique

Tryptophane

Sérotonine

Clindamycine

Klebsiella pneumoniae NDM-1

Hungatella

Muribaculum

Muribaculaceae

S24-7

Hungatella

Metagenomic

Metabolomic

Tryptophan

Serotonin

Clindamycine

Klebsiella pneumoniae NDM-1

Résumé

L’altération du microbiote digestif provoquée par une antibiothérapie augmente le risque de colonisation par des bactéries multirésistantes. Dans un modèle murin, nous avons étudié l’impact d’une colonisation digestive par entérobactéries productrices de carbapénémase (EPC) sur la sévérité d’une pneumopathie à Pseudomonas aeruginosa. Les souris colonisées par EPC présentaient une pneumopathie plus sévère (score clinique et perméabilité alvéolo-capillaire), ainsi qu’une mortalité plus élevée par rapport aux groupes contrôles ou ayant simplement reçu une injection de clindamycine. Une transplantation de microbiote fécal restaurait le pronostic. Les cellules dendritiques et les lymphocytes T CD4 étaient diminués au niveau pulmonaire dans le groupe colonisé par EPC. Au niveau du microbiote digestif, on observait une quasi-extinction des Muribaculaceae associée à une expansion du genre Hungatella chez les souris colonisées par EPC. Certains métabolites du tryptophane potentiellement impliqués dans la réponse immunitaire étaient modifiés dans le groupe colonisé par EPC. Une colonisation digestive asymptomatique peut ainsi entraîner des effets délétères sur la réponse de l’hôte.

Antibiotics disrupt the gut microbiota, and are considered a risk factor of colonization by multidrug-resistant bacteria. In a murine model, we studied the impact of digestive colonization with carbapenemase-producing Enterobacteriaceae (CPE) on the severity of Pseudomonas aeruginosa pneumonia. Mice colonized by CPE presented a more severe pneumonia (clinical score and alveolocapillary permeability) and a higher mortality compared to controls or mice that received only clindamycin. Fecal microbiota transplant was associated with better outcomes. After infection by P. aeruginosa, lung dendritic cells and CD4 T lymphocytes were decreased in mice colonized by CPE. Gut microbiota was specifically altered in mice colonized by CPE: Muribaculaceae relative abundance was greatly reduced, associated with an expansion of the Hungatella genus. Tryptophan metabolites were modified by CPE colonization. Asymptomatic digestive colonization with CPE had a detrimental effect on the host response to P. aeruginosa pneumonia.