Ecologie de la Cistude d'Europe "Emys orbicularis" en Brenne : histoire de vie des nouveau-nés et influence des modes de gestion sur les populations

Ecology of the European pond turtle (Emys orbicularis) in Brenne : life-history of hatchling and influence of management on populations

• Auteur / Autrice : Frédéric Beau
• Direction : François Brischoux
• Type : Thèse de doctorat
• Discipline(s) : Biologie de l’environnement, des populations, écologie
• Date : Soutenance le 02/12/2019
• Etablissement(s) : La Rochelle
• Ecole(s) doctorale(s) : École doctorale Euclide (La Rochelle ; 2018-....)
• Partenaire(s) de recherche : Laboratoire : Centre d'études biologiques de Chizé - CEBC
• Jury : Président / Présidente : Paco Bustamante
• Jury : Examinateurs / Examinatrices : François Brischoux, Paco Bustamante, Marc Girondot, Pierre Joly, Jean-Marie Ballouard
• Jury : Rapporteurs / Rapporteuses : Marc Girondot, Pierre Joly

Mots clés

Mots clés contrôlés

Écotoxicologie

Nidification

Cistude d'Europe

Mots clés libres

Cistude d’Europe Emys orbicularis

Site de ponte

Émergence

Mercure

Algue

Condition corporelle

Conservation

Gestion

Pisciculture

European pond turtle Emys orbicularis

Nest site

Hatchling

Mercury

Algae

Body condition

Conservation

Management

Fish-farming

Résumé

La Brenne est une région qui abrite aujourd’hui une biodiversité remarquable et de nombreuses espèces emblématiques des zones humides, parmi lesquelles la Cistude d’Europe Emys orbicularis occupe une place particulière. Cette espèce a été largement favorisée par les activités humaines passées. Les étangs, tous artificiels, ont vu s’installer et se développer depuis le Moyen Âge une des plus importantes populations de France. Cette espèce, dont la répartition française fut plus large, a subi d’importantes réductions essentiellement en raison des modifications des pratiques agricoles et l’utilisation, voire la disparition, des milieux aquatiques et terrestres nécessaires à son cycle de vie. Les Réserves naturelles sont des lieux de préservation du patrimoine naturel. La biologie de la conservation s’attache à proposer des mesures de préservation sur la base d’études scientifiques. Ce travail s’inscrit dans cette démarche sur une espèce pourtant déjà largement étudiée. Cette dernière considération nous a amené à porter nos recherches sur des éléments nouveaux pour l’espèce. Ainsi, nous avons souhaité tout d’abord étudier les facteurs liés aux sites de ponte : l’incubation in situ, les émergences et les premiers moments de vie des nouveau-nés qui quittent le nid. Puis, nous avons étudié les populations dans les étangs sous le prisme de la qualité des milieux aquatiques. Concernant notre premier objectif, jusqu’à présent les sites de ponte étaient considérés, et donc gérés, comme des lieux à optimiser pour la ponte des femelles. Or, il s’avère que l’utilisation de cet habitat terrestre par l’espèce va bien au-delà. En effet, la plasticité de la phénologie des émergences, liée à une faible mobilité des jeunes qui sortent du nid et leur utilisation du milieu, nous oblige à revoir nos considérations de gestion de ces habitats, tout du moins dans le contexte particulier (édaphique, climatique et météorologique) de la Brenne. L’étude des populations par la qualité des eaux nous apporte des premiers résultats, notamment sur la présence de mercure à des doses connues pour causer des troubles chez d’autres groupes d’espèces. L’origine de ce mercure ne semble pas imputable aux activités humaines locales, mais il semble issu du cycle global du mercure et une entrée dans la chaîne alimentaire liée à la gestion par les assecs réguliers. Sans avoir démontré d’impact sur la reproduction des cistudes, nous avons mis en évidence une corrélation qui incite à porter une attention à ce phénomène de présence de mercure dans les organismes vivants des étangs de Brenne. La présence d’algues sur les tortues aquatiques est connue depuis longtemps. Toutefois, nos résultats mettent en évidence une phénologie du recouvrement de la carapace différente selon les classes d’âge et les sexes. La modification des pratiques piscicoles, vers une intensification, apparait comme le facteur agissant sur la présence et la colonisation des cistudes par les algues, par une eutrophisation des milieux (étangs). De même que pour le mercure, bien que nous ayons mis en évidence des corrélations entre la couverture algale et la condition corporelle des femelles ou encore leur capacité de reproduction, ces premiers résultats sont à poursuivre afin de connaitre l’impact à long terme sur cette espèce longévive. En Brenne, les populations de cistudes sont encore importantes mais des variables telles que le taux de juvéniles dans les populations, la présence de mercure, le recouvrement parfois très important en algues, doivent nous inciter à maintenir notre vigilance pour cette espèce, et poursuivre le travail dans le cadre de la biologie de la conservation. Ceci accompagné de valorisations et de partages de ces connaissances et des expériences de gestion.

“Brenne” is a French wetland area which shelters a remarkable biodiversity and many emblematic species, among which the European pond turtle Emys orbicularis is particularly abundant. This species has been largely favored by past human activities. In Brenne, all ponds are man-made and have allowed the development, since the Middle Age, of one of the largest European pond turtle population in France. The distribution of this species has strongly decreased mainly because of changes in agricultural practices and the use of the aquatic and terrestrial environments necessary for its life cycle. Nature Reserves are important areas dedicated to the preservation of the natural heritage. One of the goal of biological conservation is to propose preservation measures based on scientific studies. E. orbicularis has been the subject of many of such studies. We choose to carry out our research on new elements for the species. First, we investigated parameters related to nesting sites: incubation under natural environment, emergence and postemergence behaviors of hatchlings. Second, we studied the populations under the prism of the quality of the aquatic environments. Generally, nesting sites were mainly considered as critical areas for egg-laying by females. However, it turns out that the use of this terrestrial habitat by the species is more important. Indeed, the plasticity of emergence phenology linked to a low mobility of hatchlings strongly suggest to change management practices of these habitats, at least in the particular context (edaphic, climate and weather) of Brenne. The study of the influence of water quality on populations allowed to highlight important patterns. Mercury levels in European pond turtle can reach doses known to cause disorders. The origin of this mercury does not seem to be linked to local human activities, but appears to originate from its global cycle. However, the Hg bioavailability is stimulated by local management practices, characterized by drainage periods. We have highlighted a correlation between the concentration of mercury and female reproduction (gravidity) which stimulates future research. A focus on algal epibiosis indicates that a large part of individuals are covered by algae. The presence of algae on aquatic turtles has been known for a long time. However, our results highlight differences of the algal epibiosis between ages and sexes. Intensive fish-farming appears to be responsible of the presence and prevalence of algae on turtles. Intensification of fish-farming practices causes an eutrophication of the environments. We also found correlations between algal cover and body condition and reproduction in adult females. These results should be pursued in order to know the long-term impact on this long-lived species. In Brenne, populations of European pond turtle are still large but some aspects such as proportion of juveniles, presence of mercury, or algal epibiosis deserve future studies in the field of conservation biology, with an emphasis on knowledge and management experiences sharing.