ASGART - Cartographie de novo des duplications segmentaires à l'échelle génomique
Auteur / Autrice : | Franklin Delehelle |
Direction : | Hervé Luga, Patricia Balaresque |
Type : | Thèse de doctorat |
Discipline(s) : | Mathématiques et Applications |
Date : | Soutenance le 06/06/2019 |
Etablissement(s) : | Toulouse, INSA |
Ecole(s) doctorale(s) : | École doctorale Mathématiques, informatique et télécommunications (Toulouse) |
Partenaire(s) de recherche : | Laboratoire : Institut de recherche en informatique de Toulouse-IRIT - Institut de recherche en informatique de Toulouse / IRIT |
Jury : | Président / Présidente : Severine Berard |
Examinateurs / Examinatrices : Hervé Luga, Patricia Balaresque, Macha Nikolski, Dominique Lavenier, Emilie Lecompte | |
Rapporteurs / Rapporteuses : Macha Nikolski, Dominique Lavenier |
Mots clés
Mots clés contrôlés
Mots clés libres
Résumé
Le séquençage de nombreux génomes ces dernières décennies a mis en exergue une large proportion de séquences dupliquées dans l'immense majorité d'entre eux, à diverses échelles. Parmi ces duplications, les SD (duplications segmentaires) sont d'un intérêt particulier de par l'influence qu'elles exercent dans les mécanismes de création de variation génétique. Ces zones, historiquement ardues à séquencer, commencent à voir leur accès se démocratiser grâce à l'amélioration ou au développement des techniques idoines. Pour faciliter l'exploitation in silico de ces nouveaux flux de données numériques, nous avons développé ASGART, un programme efficace, rapide, dédié à la détection précise des zones dupliquées dans des fragments d'ADN. Nous présentons ensuite quelques résultats préliminaires obtenus grâce à ASGART, en particulier dans le domaine de l'évolution des chromosomes sexuels.