Thèse soutenue

Salmonelles dans l'industrie avicole libanaise : prévalence, antibiorésistance, caractérisation moléculaire et lutte alternative par les Lactobacilles

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Auteur / Autrice : Rima el Hage
Direction : Florence MathieuYoussef El Rayess
Type : Thèse de doctorat
Discipline(s) : Genie des Procédés et de l'Environnement
Date : Soutenance le 18/06/2019
Etablissement(s) : Toulouse, INPT
Ecole(s) doctorale(s) : École doctorale Mécanique, énergétique, génie civil et procédés (Toulouse)
Partenaire(s) de recherche : Laboratoire : Laboratoire de génie chimique (Toulouse ; 1992-....)
Jury : Président / Présidente : Michel Afram
Examinateurs / Examinatrices : Florence Mathieu, Youssef El Rayess, Michel Afram, Patricia Taillandier, Marianne Chemaly, Nancy Nehme
Rapporteurs / Rapporteuses : Jean-Yves Madec, Mireille Kallassy-Awad

Mots clés

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Résumé

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Les salmonelles d'origine alimentaire continuent de représenter une menace majeure pour la santé publique, en particulier celles d'origine avicole. Ces dernières années, une tendance à la hausse de la résistance aux antimicrobiens (AMR) chez les salmonelles a été remarqué en raison de la mauvaise utilisation des antimicrobiens. Pour trouver des alternatives à ce problème émergent, des probiotiques, en particulier Lactobacilli sp., ont été proposés. Les données sur les salmonelles dans l’industrie avicole libanaise étant rares, cette étude a été menée pour déterminer la prévalence des salmonelles à différents stades de la chaîne de production des poulets de chair et de poules pondeuses, l’antibiorésistance et leurs profils moléculaires. En outre, l'activité probiotique de souches aviaires de Lactobacillus indigènes a été testée contre les salmonelles. Le criblage de l'activité anti-salmonelle, de l'innocuité notamment de l'antibiorésistance, et des propriétés probiotiques de surface des souches de lactobacilles a également été effectué. Sur une période de 3 ans, les échantillons de matières fécales ont été collectés par la méthode de la pédichiffonnette dans des fermes libanaises locales (n = 237), tandis que la viande de volaille a été collectée dans des abattoirs (n = 134) et sur le marché (n = 1907). En parallèle, des échantillons de caeca (n = 115) et de peaux de cou (n = 115) ont été collectées dans deux grands abattoirs. Les résultats ont mis en évidence une forte prévalence de Salmonella chez les volailles. En tenant compte de tous les échantillons, une grande diversité de sérotypes a été identifiée, avec une prédominance de Salmonella Infantis (32,9%), Salmonella Enteritidis (28,4%) et Salmonella Kentucky (21,4%) avec une antibiorésistance élevée dans tous les isolats de Salmonella. La résistance la plus importante a été observée chez neuf souches de S. Kentucky résistantes à la ciprofloxacine (CIPR) et à la céphalosporine à spectre étendu (ESC). Ces souches ont été génétiquement caractérisées par séquençage du génome entier (WGS). Les résultats ont montré, pour la première fois au Liban, un cas de détection et de dissémination du S. Kentucky ST198 hautement résistant. La méthode PFGE a montré la présence d’un clone persistant de S. Enteritidis (80% des souches) commun entre les souches aviaires et humaines. Des profils génomiques ainsi que des phénotypes de résistance aux antimicrobiens similaires ont été détectés entre les fermes, les abattoirs et le marché, suggérant la circulation et la transmission de clones identiques tout au long de la chaîne alimentaire et des poules pondeuses Les résultats du criblage des probiotiques potentiels montrent que quatre espèces de Lactobacillus ont été identifiées : L. reuteri (n = 22, 44%), L. salivarius (n = 20, 40%), L. fermentum (n = 2, 4%) et L. crispatus (n = 1, 2%) et deux Enterococcus fecalis. Huit lactobacilles ont été choisies en fonction de leur capacité d'hydrophobicité et de leur capacité d'auto/coagrégation pour un test ultérieur d’adhérence. L'attachement des souches de lactobacilles variait de 0,53 à 10,78%. L. salivarius A30 / i26 et 16 / c6 et L. reuteri 1 / c24 présentant la capacité d'adhérence la plus élevée ont été évaluées pour leur capacité à rivaliser et à exclure l'agent pathogène du site d'adhésion sur la lignée cellulaire caco-2. Il a été démontré que L. salivarius 16 / c6 excluait fortement l’adhésion des trois sérotypes de Salmonella à des niveaux significatifs.