Analyse d’accessibilité et révision de la dynamique dans les réseaux de régulations biologiques
Auteur / Autrice : | Xinwei Chai |
Direction : | Olivier Roux, Morgan Magnin |
Type : | Thèse de doctorat |
Discipline(s) : | Informatique |
Date : | Soutenance le 24/05/2019 |
Etablissement(s) : | Ecole centrale de Nantes |
Ecole(s) doctorale(s) : | École doctorale Mathématiques et sciences et technologies de l'information et de la communication (Rennes) |
Partenaire(s) de recherche : | Laboratoire : Laboratoire des Sciences du Numérique de Nantes |
Jury : | Président / Présidente : Béatrice Duval |
Examinateurs / Examinatrices : Olivier Roux, Morgan Magnin, Béatrice Duval, Pascale Le Gall, Gilles Bernot, Loïc Paulevé | |
Rapporteurs / Rapporteuses : Pascale Le Gall, Gilles Bernot |
Mots clés
Résumé
Les systèmes concurrents sont un bon choix pour ajuster les données et analyser les mécanismes sous-jacents pour leur sémantique simple mais expressive. Cependant, l’apprentissage et l’analyse de tels systèmes concurrents sont difficiles pour ce qui concerne les calculs. Lorsqu’il s’agit de grands ensembles de données, les techniques les plus récentes semblent insuffisantes, que ce soit en termes d’efficacité ou de précision. Ici, nous proposons un cadre de modélisation raffiné ABAN (Asynchronous Binary Automata Network) et développons des outils pour analyser l’atteignabilité : PermReach (Reachability via Permutation search) et ASPReach (Reachability via Answer Set Programming). Nous proposons ensuite deux méthodes de construction et d’apprentissage des modèles: CRAC (Completion via Reachability And Correlations) et M2RIT (Model Revision via Reachability and Interpretation Transitions) en utilisant des données continues et discrètes pour s’ajuster au modèle et des propriétés d’accessibilité afin de contraindre les modèles en sortie.