Thèse soutenue

Processus infectieux et diversité intra-spécifique de Colletotrichum lupini, agent responsable de l'anthracnose du lupin
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Auteur / Autrice : Guillaume Dubrulle
Direction : Gaétan Le Floch
Type : Thèse de doctorat
Discipline(s) : Microbiologie, virologie et parasitologie
Date : Soutenance le 14/11/2019
Etablissement(s) : Brest
Ecole(s) doctorale(s) : École doctorale Écologie Géosciences Agronomie Alimentation (Rennes ; 2016-2022)
Partenaire(s) de recherche : Laboratoire : Laboratoire universitaire de biodiversité et écologie microbienne
Jury : Président / Présidente : Georges Barbier
Examinateurs / Examinatrices : Gaétan Le Floch, Georges Barbier, Julie Chong, Richard O’Connell, Flora Pensec, Nathalie Harzic
Rapporteurs / Rapporteuses : Julie Chong, Richard O’Connell

Mots clés

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Mots clés contrôlés

Résumé

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L’anthracnose du lupin est une maladie majeure provoquée par le champignon filamenteux Colletotrichum lupini. Le genre Colletotrichum rassemble un grand nombre d’espèces phytopathogènes caractérisées par une distribution mondiale et classées parmi 11 complexes d’espèces,C. lupini appartenant au complexe d’espèces C. acutatum. Jusqu’à aujourd’hui, les travaux de recherche ont permis de mieux comprendre son positionnement phylogénétique ainsi que son cycle infectieux, mais des travaux complémentaires restaient nécessaires afin de mieux connaître (i) la diversité des souches de C. lupini ainsi que (ii) les déterminants moléculaires de sa pathogénicité. Pour répondre au premier objectif de cette thèse, l’étude d’un panel de souches issues de collections mais aussi d’isolement réalisés récemment en région Bretagne et Pays de la Loire a montré que la diversité phylogénétique intra-spécifique est faible par rapport à la diversité phénotypique, notamment marquée par un pouvoir pathogène contrasté selon les souches. L’étude des transcrits et des protéines synthétisées par le champignon, au cours d’une cinétique d’infection sur lupin, a permis de répondre au deuxième objectif via une approche de séquençage RNAseq et de spectrométrie de masse nLC Qexactive Orbitrap MS/MS. Ces études ont mis en évidence que les cinétiques d’apparition des symptômes, d’expression de gènes et de synthèse des protéines semblent caractéristiques des agents hémibiotrophes. Des gènes peu décrits et d’autres de fonction inconnue, spécifiquement associés à des stades précoces ou tardifs de l’infection, ont également été mis en évidence. La détermination de leur rôle dans l’établissement de la pathogénicité de C. lupini nécessitera une validation fonctionnelle.