Méthanogènes : entre commensalisme et opportunisme

Methanogens : between commensalism and opportunism

• Auteur / Autrice : Ghiles Grine
• Direction : Michel Drancourt, Raymond Ruimy
• Type : Thèse de doctorat
• Discipline(s) : Maladies infectieuses
• Date : Soutenance le 22/11/2019
• Etablissement(s) : Aix-Marseille
• Ecole(s) doctorale(s) : École Doctorale Sciences de la vie et de la santé (Marseille)
• Partenaire(s) de recherche : Laboratoire : Mephi (Marseille) - Méditerranée Infection
• Jury : Président / Présidente : Fabienne Bregeon
• Jury : Examinateurs / Examinatrices : Fabienne Bregeon, Martine Bonnaure-Mallet, Martine Hennequin, Gérard Aboudharam
• Jury : Rapporteurs / Rapporteuses : Martine Bonnaure-Mallet, Martine Hennequin

Mots clés

Mots clés contrôlés

Microorganismes anaérobies

Anaérobiose

Archéobactéries

Mots clés libres

Archaea

Méthanogènes

Anaerobie

Culture

Archaea

Methanogens

Anerobie

Culture

Résumé

Dans la première partie de notre Thèse, nous avons revu la littérature de l’ensemble des espèces méthanogènes retrouvées dans les différents microbiotes de l’homme. Nous avons également fait un point sur les diverses méthodes utilisées en microbiologie clinique pour rechercher et identifier ces microorganismes. Dans une seconde partie de notre thèse, nous avons montré que le tractus digestif humain est colonisé par M. smithii dès le premier jour de la vie posant ainsi la question des sources potentielles d’acquisition de ce méthanogènes. Nous avons détecté et isolé M. smithii et M. oralis dans le colostrum et dans le lait maternel suggérant ainsi une contamination mère-enfant par allaitement. Concernant les prélèvements vaginaux, M. smithii est détecté dans 97 % des prélèvements collectés chez des patientes ayant une vaginose bactérienne. Par la suite, nous avons rapporté la détection de méthanogènes, M. oralis et M. smithii dans le fluide salivaire d'individus ne souffrant d'aucune maladie bucco-dentaire. Dans la troisième partie de notre thèse, nous avons montré pour la première fois que les méthanogènes font partie du microbiote urinaire dans lequel nous avons trouvé M. smithii avec une prévalence de 9 %. Enfin, nous avons optimisé les méthodes de recherche et d’isolement des méthanogènes. Nous avons développé une méthode chimique de production d’H2. L’expertise acquise et les résultats obtenus au cours de cette Thèse, nous invitent à poursuivre des travaux de recherche en microbiologie clinique des méthanogènes, en questionnant plus particulièrement leurs rôles en physiologie et en pathologie buccodentaire.

In the first part of our thesis, we reviewed the literature of all the methanogenic species found in the different microbiota of humans. We also reviewed the various methods used in clinical microbiology to research and identify these microorganisms. In a second part of our thesis, we have shown that the human digestive tract is colonized by M. smithii from the first day of life thus posing the question of potential sources of acquisition of this methanogen. We detected and isolated M. smithii and M. oralis in colostrum and breast milk suggesting mother-to-child contamination by breastfeeding. For vaginal specimens, M. smithii is detected in 97% of the samples collected from patients with bacterial vaginosis. Subsequently, we reported the detection of methanogens, M. oralis and M. smithii in the salivary fluid of individuals with no oral disease. In the third part of our thesis, we have shown for the first time that methanogens are part of the urinary microbiota in which we found M. smithii with a prevalence of 9%. Finally, we have optimized the methods of research and isolation of methanogens. We have developed a chemical method for producing H2. The expertise acquired and the results obtained during this thesis, invite us to continue research work in clinical microbiology of methanogens, questioning more particularly their roles in physiology and oral pathology.