Epidémiologie, typage et antibiorésistance de Neisseria spp. au Liban par séquençage de nouvelle génération des génomes

Epidemiology, typing and antibiotic resistant of Neisseria species in Lebanon by whole genome sequencing

• Auteur / Autrice : May Khoder
• Direction : Jean-Marc Rolain, Marwan Osman, Ahmad Shahin
• Type : Thèse de doctorat
• Discipline(s) : Microbiologie Médicale et Alimentaire
• Date : Soutenance le 26/09/2019
• Etablissement(s) : Aix-Marseille en cotutelle avec École doctorale des Sciences et de Technologie (Beyrouth)
• Ecole(s) doctorale(s) : École Doctorale Sciences de la vie et de la santé (Marseille)
• Jury : Président / Présidente : Philippe Colson
• Jury : Examinateurs / Examinatrices : Ziad Daoud, Marie Kempf, Rola Husni, Serge Morand
• Jury : Rapporteurs / Rapporteuses : Ziad Daoud, Marie Kempf

Mots clés

Mots clés contrôlés

Betaproteobacteria

Bactéries à Gram négatif

Épidémiologie

Infertilité

Neisseria

Mots clés libres

Neisseria

Infertilité

Epidemiologie

Identification

Neisseria

Infertility

Epidemiology

Identification

Résumé

Les Neisseria forment un genre de bactéries à Gram négatif en diplocoques appartenant à la classe des bêta-proteobacteria. Certains espèces sont des commensaux des épithéliums muqueux humains, tandis que deux espèces Neisseria meningitidis et Neisseria gonorrhoeae sont des pathogènes. L'identification de routine est basée sur des tests biochimiques, cependant plus récemment, de nouveaux outils avancés y compris le MALDI-TOF et la caractérisation génétique ont été utilisés pour identifier ce genre bactérien. Malheureusement, peu de données sont disponibles sur l’identification des espèces commensales de Neisseria et son corrélation avec l’infertilité.Pour ces raisons, il nous est apparu intéressant de monter un travail de thèse qui s’entoure autour de quatre axes principaux l’épidémiologie et la recherche clinique- la taxonomie du genre Neisseria- l’analyse et la comparaison génomique- la caractérisation moléculaire de la résistance aux céphalosporines chez Neisseria flavescens. En conclusion, l’ensemble de ces données obtenues montre que les Neisseria commensales ont un impact important sur la santé humaine. En plus, le genre Neisseria contient beaucoup des erreurs au niveau du génome et nécessite une reclassification qui réorganise la taxonomie de nouveau.

Neisseria spp. are Gram-negative diplococci bacteria belonging to the class of beta-proteobacteria. Some species are commensals of human mucosal epithelia, while two species are pathogens, Neisseria meningitidis and Neisseria gonorrhoeae, which can induce inflammation and break mucosal barriers. Although Neisseria spp. are very similar genetically, they differ in their adaptation to different niches and the presentation of the disease. Routine identification is mainly based on biochemical tests, however recently new advanced tools including (MALDI-TOF) and genetic characterization have been used to identify this bacterial genus. Simultaneously, the causes of infertility in men are less known than those responsible for female infertility. Recent studies have confirmed that human infertility problems are caused by N. gonorrhoeae infection. Unfortunately, few data are available concerning the identification of commensal Neisseria species and their correlation with infertility.For these reasons, it seemed interesting to carry out a thesis project articulated around four different axes:Epidemiology, clinical research and antibiotic resistance- Taxonomy of the genus Neisseria- Comparative genomic analysis and Molecular characterization of cephalosporin resistance in Neisseria flavescens. In conclusion, our findings showed that commensal Neisseria species have a significant impact on human health, and are probably associated with infertility in men. On the other hand, the available genomic data regarding Neisseria on NCBI database contains many errors and requires a reclassification of predicted species in order to correct the taxonomy of this genus.