Thèse soutenue

Diagnostic de laboratoire des infections opportunistes à Gemmata spp. (Planctomycetes)
FR
Accès à la thèse
Auteur / Autrice : Dieudonne Odilon Kabore
Direction : Michel DrancourtSylvain Godreuil
Type : Thèse de doctorat
Discipline(s) : Maladies infectieuses
Date : Soutenance le 04/07/2019
Etablissement(s) : Aix-Marseille
Ecole(s) doctorale(s) : Ecole Doctorale Sciences de la Vie et de la Santé (Marseille)
Partenaire(s) de recherche : Laboratoire : Mephi (Marseille) - Méditerranée Infection
Centre hospitalier : Centre hospitalier universitaire (Montpellier)
Jury : Président / Présidente : Florence Fenollar
Examinateurs / Examinatrices : Florence Fenollar, Jean-Philippe Lavigne, Max Maurin
Rapporteurs / Rapporteuses : Jean-Philippe Lavigne, Max Maurin

Résumé

FR  |  
EN

Les bactéries du genre Gemmata sont suspectées d’être responsables d’infections opportunistes chez des patients aplasiques. Gemmata obscuriglobus et Gemmata massiliana sont les seules espèces cultivables de ce genre ; le reste étant réfractaire à la culture. Au cours de notre Thèse, 34 sangs aplasiques et 392 lavages broncho-alvéolaires ont été collectés afin de rechercher les Gemmata par qPCR et par culture. Une qPCR positive a été obtenue à partir du sang et la PCR standard réalisée en vue du séquençage était défectueux ; et aucun isolat n’a été obtenu en culture. En vue de concevoir de nouveaux outils d’isolement, les 2 souches ont été co-cultivées avec des phagocytes, qui se sont avérés bactéricides pour ces bactéries. Ensuite, nous avons comparé un milieu A, incorporant des tissus d’éponge de Spongia sp. au milieu standard ; et un milieu B incorporant le filtrat aqueux de Spongia dans le milieu A. Les milieux standard, A et B ont été inoculés et après 3 jours d'incubation, les colonies comptées à partir des milieux A et B excédaient de plus d’un log par rapport au standard. L’analyse des génomes des 2 espèces a montré qu’aucune d’elles ne codait pour les composants essentiels du métabolisme du fer. Nous avons donc forcé Escherichia coli à produire ces composants afin d’enrichir le milieu standard avec le filtrat, ce qui nous a permis d’observer une croissance plus rapide, p<0.001. Enfin, l’impact de la radiothérapie, qui aurait induit une dysbiose puis une translocation des Gemmata du microbiote digestif vers le sang des patients soumis à cette thérapie a été exploré après une irradiation in vitro des selles. Une forte perturbation de la flore fécale a été observée.