Auteur / Autrice : | Dieudonne Odilon Kabore |
Direction : | Michel Drancourt, Sylvain Godreuil |
Type : | Thèse de doctorat |
Discipline(s) : | Maladies infectieuses |
Date : | Soutenance le 04/07/2019 |
Etablissement(s) : | Aix-Marseille |
Ecole(s) doctorale(s) : | Ecole Doctorale Sciences de la Vie et de la Santé (Marseille) |
Partenaire(s) de recherche : | Laboratoire : Mephi (Marseille) - Méditerranée Infection |
Centre hospitalier : Centre hospitalier universitaire (Montpellier) | |
Jury : | Président / Présidente : Florence Fenollar |
Examinateurs / Examinatrices : Florence Fenollar, Jean-Philippe Lavigne, Max Maurin | |
Rapporteurs / Rapporteuses : Jean-Philippe Lavigne, Max Maurin |
Mots clés
Résumé
Les bactéries du genre Gemmata sont suspectées d’être responsables d’infections opportunistes chez des patients aplasiques. Gemmata obscuriglobus et Gemmata massiliana sont les seules espèces cultivables de ce genre ; le reste étant réfractaire à la culture. Au cours de notre Thèse, 34 sangs aplasiques et 392 lavages broncho-alvéolaires ont été collectés afin de rechercher les Gemmata par qPCR et par culture. Une qPCR positive a été obtenue à partir du sang et la PCR standard réalisée en vue du séquençage était défectueux ; et aucun isolat n’a été obtenu en culture. En vue de concevoir de nouveaux outils d’isolement, les 2 souches ont été co-cultivées avec des phagocytes, qui se sont avérés bactéricides pour ces bactéries. Ensuite, nous avons comparé un milieu A, incorporant des tissus d’éponge de Spongia sp. au milieu standard ; et un milieu B incorporant le filtrat aqueux de Spongia dans le milieu A. Les milieux standard, A et B ont été inoculés et après 3 jours d'incubation, les colonies comptées à partir des milieux A et B excédaient de plus d’un log par rapport au standard. L’analyse des génomes des 2 espèces a montré qu’aucune d’elles ne codait pour les composants essentiels du métabolisme du fer. Nous avons donc forcé Escherichia coli à produire ces composants afin d’enrichir le milieu standard avec le filtrat, ce qui nous a permis d’observer une croissance plus rapide, p<0.001. Enfin, l’impact de la radiothérapie, qui aurait induit une dysbiose puis une translocation des Gemmata du microbiote digestif vers le sang des patients soumis à cette thérapie a été exploré après une irradiation in vitro des selles. Une forte perturbation de la flore fécale a été observée.