Evaluation du microbiote du lait maternel

Assessment of breast milk microbiota

• Auteur / Autrice : Amadou Hamidou Togo
• Direction : Didier Raoult
• Type : Thèse de doctorat
• Discipline(s) : Maladies infectieuses
• Date : Soutenance le 04/07/2019
• Etablissement(s) : Aix-Marseille
• Ecole(s) doctorale(s) : École Doctorale Sciences de la vie et de la santé (Marseille)
• Partenaire(s) de recherche : Laboratoire : Mephi (Marseille) - Méditerranée Infection
• Jury : Président / Présidente : Jean-Christophe Lagier
• Jury : Examinateurs / Examinatrices : Jean-Christophe Lagier, Bourèma Kouriba, Marie Kempf, Max Maurin
• Jury : Rapporteurs / Rapporteuses : Bourèma Kouriba, Marie Kempf

Mots clés

Mots clés contrôlés

ARN ribosomique 16S

Lait humain

Colostrum

Microbiote

Lait maternel

Mots clés libres

Microbiote

Colostrum

Lait maternel

Humain

Culturomics

Taxonogénomique

Microbiota

Colostrum

Breast Milk

Human

Culturomics

Taxonogenomics

Résumé

Malgré les progrès technologiques dans l'exploration du microbiote humain et les nombreuses études menées sur le microbiote du tube digestif, le microbiote du colostrum et du lait maternel demeure un microbiote négligé. Cependant, les résultats de quelques études ont montré une grande diversité de bactéries commensales qui constituent le microbiote du lait maternel qui pourrait coloniser l'intestin du nourrisson. Selon les auteurs de ces études, le colostrum et le lait maternel pourraient être impliqués dans la transmission verticale des phénotypes associés au microbiote intestinal maternel. Dans cette thèse, nous avons d'abord évalué la diversité bactérienne de 154 échantillons de colostrum et de lait maternel de 144 mères par culture à travers la «microbial culturomics» et par métagénomique ciblée à travers le séquençage du gène de L'ARN ribosomal 16S. Avec l'approche de la «culturomics microbienne», nous avons analysé 20 échantillons de colostrum et de lait et tous les échantillons ont été analysés par l’approche de métagénomique ciblée. Nous avons cultivé 20 échantillons de colostrum et de lait pour l'isolement des archées méthanogènes qui jouent un rôle important dans la digestion de certains aliments. Dans la deuxième partie, nous avons procédé à la description taxonogénomique des nouvelles bactéries isolées à partir du colostrum, du lait maternel et des selles des patients obèses. Nous avons observé une grande diversité bactérienne du colostrum et du lait maternel grâce aux approches de la «microbial culturomics» et de métagénomique ciblé. Nous avons pu cultiver deux espèces d'archée méthanogènes, Methanobrevibacter smithii et Methanobrevibacter oralis.

Despite technological advances in human microbiota exploration and numerous studies on digestive tract microbiota, colostrum and breast milk microbiota remain neglected microbiotes. However, the results of few studies have shown a significant diversity of commensal bacteria that constitute the microbiota of colostrum and breast milk that could colonise infant gut. According to the authors of these studies, colostrum and breast milk could be involved in the vertical transmission of phenotypes associated to mother gut microbiota. In this thesis, we first evaluated the bacterial diversity of 154 colostrum and breast milk samples from 144 mothers using culture (culturomics) and targeted metagenomics (16S rRNA gene) approaches. With culturomics approach, we analysed 20 samples of colostrum and milk and all samples with targeted metagenomics. We also cultured 20 samples, including 9 colostrum and 11 mature milk, for the isolation of methanogenic archaea that play a key role in the digestion of certain foods. In the second part we proceeded to the taxonogenomic description of new bacteria isolated from colostrum, breast milk and stools of obese patients. We observed a high bacterial diversity of colostrum and breast milk through culturomics and metagenomics approaches. We have been able to cultivate two species of methanogenic archaea; Methanobrevibacter smithii is present in most people gut and Methanobrevibacter oralis colonizes the human oral cavity. We have thus increased the microbial repertoire associated with colostrum and human breast milk by discovering and describing several new bacterial species.