Etude des mécanismes de résistance aux antibiotiques chez des patients hospitalisés à l'aide de différentes approches : culturomique, génomique et métagénomique

Study of antibiotic resistance mechanisms in hospitalized patients using different approaches : culturomics, genomics and metagenomics

• Auteur / Autrice : Rym Lalaoui Bakour
• Direction : Jean-Marc Rolain
• Type : Thèse de doctorat
• Discipline(s) : Pathologie humaine. Maladies infectieuses
• Date : Soutenance le 04/07/2019
• Etablissement(s) : Aix-Marseille
• Ecole(s) doctorale(s) : Ecole Doctorale Sciences de la Vie et de la Santé (Marseille)
• Partenaire(s) de recherche : Laboratoire : Mephi (Marseille) - Méditerranée Infection
• Partenaire(s) de recherche : Fondation : Infect-Era
• Jury : Président / Présidente : Philippe Colson
• Jury : Examinateurs / Examinatrices : Philippe Colson, Marie Kempf, Serge Morand
• Jury : Rapporteurs / Rapporteuses : Marie Kempf, Serge Morand

Mots clés

Mots clés contrôlés

Bactéries à Gram négatif

Métagénomique

Génomique

Résistance aux antibiotiques

Mots clés libres

Resistance aux antibiotiques

Patients hospitalisé

Culturomique

Génomique

Métagénomique

Antibiotic resistance

Hospitalized patients

Culturomic

Genomic

Metagenomic

Résumé

Peu de temps après l’utilisation des carbapénèmes pour le traitement des infections nosocomiales causées par les bactéries à Gram-négatif (BGN) productrices de BLSE, la résistance à cette famille a rapidement été développé. La production de carbapenèmase se trouve être le mécanisme de résistance le plus répandu. Face à ce problème, la colistine a été réintroduits en milieu clinique malgré sa toxicité. La réintroduction de la colistine a été suivie d'une augmentation de cas de résistance à cette molécule parmi les BGN. La résistance à la colistine est soit due à des mutations chromosomiques au niveau des gènes de régulation, soit codé par des gènes à médiation plasmidique nommés mcr. La gestion des bactéries résistantes aux carbapénèmes et/ou à la colistine en clinique est complexe. L’identification rapide du profil de résistance aux antibiotiques des bactéries responsables d’infections est primordiale. Le séquençage dit de nouvelle génération est la technologie d’actualité utilisée pour l’identification et la caractérisation de la plupart de ces mécanismes de résistance. Les objectifs sont: i) identifier des facteurs épidémiologiques et cliniques associés à la survenue d’infections invasives à BGN résistants aux carbapénèmes chez les patients avec d’hémopathies malignes, et révéler les points clés pouvant servir à stratifier ce risque afin d’adapter le traitement probabiliste et améliorer la survie des patients, ii) décrire le résistome contenu dans les selles de patients leucémiques et identifier les mécanismes de résistances aux carbapénèmes et à la colistine, iii) étudier les mécanismes de résistance aux carbapénèmes et à la colistine de K. pneumoniae

Shortly after the use of carbapenems for the treatment of nosocomial infections caused by Gram-negative bacteria (GNB) producing BLSE, resistance to this family was rapidly developed. Carbapenemase production is the most common resistance mechanism. In response to this problem, colistin was reintroduced into the clinical setting despite its toxicity. The reintroduction of colistin was followed by an increase in cases of colistin resistance among BGNs. Colistin resistance is either due to chromosomal mutations in regulatory genes or encoded by plasmid-mediated genes called mcr. The management of carbapenem and/or colistin-resistant bacteria in the clinic is complex. Rapid identification of the antibiotic resistance profile of infection-causing bacteria is essential. Next-generation sequencing is the current technology used to identify and characterize most of these resistance mechanisms. The objectives are: i) identify epidemiological and clinical factors associated with the occurrence of invasive carbapenem-resistant BGN infections in patients with malignant hematological diseases, and reveal key points that can be used to stratify this risk in order to adapt probabilistic treatment and improve patient survival, ii) describe the resistance contained in the stools of leukemic patients and identify the mechanisms of resistance to carbapenems and colistin, iii) study the mechanisms of resistance to carbapenems and colistin in K. pneumoniae.