Thèse soutenue

Sélection d'inhibiteurs contre la machinerie de coiffage des ARN messagers et étude structurale du macro domaine chez les alphavirus

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Auteur / Autrice : Ana Sofia Ferreira Ramos
Direction : Bruno CoutardGerlind Sulzenbacher
Type : Thèse de doctorat
Discipline(s) : Biochimie structurale
Date : Soutenance le 08/07/2019
Etablissement(s) : Aix-Marseille
Ecole(s) doctorale(s) : École Doctorale Sciences de la Vie et de la Santé (Marseille)
Partenaire(s) de recherche : Laboratoire : Architecture et Fonction des Macromolécules Biologiques (AFMB) (Marseille ; 2012-....)
Jury : Président / Présidente : Bruno Canard
Examinateurs / Examinatrices : Hélène Malet
Rapporteur / Rapporteuse : Laurence Briant, Martijn Van Hemert

Résumé

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Les alphavirus comme le virus Chikungunya et le virus de l'encéphalite équine vénézuélienne sont des arbovirus (ré)-émergents. Ils possèdent un mécanisme de coiffe de l’ARNm non conventionnel catalysé par nsP1 et nsP2 pour former une structure cap-0 (m7GpppN-) qui est cruciale pour la réplication. Le coiffage constitue une cible antivirale attractive. NsP1 catalyse trois activités: méthyltransférase, guanylylation de nsP1 (GT), et transfert sur l’ARNm. Nous avons développé un test pour cribler la chimiothèque de composés de Prestwick Chemical® contre l’activité GT de nsP1. 18 composés sont ressortis de ce crible et trois séries de composés ont été sélectionnées pour une caractérisation plus poussée. Ces composés inhibent peu une MTase cellulaire suggérant leur spécificité vis-à-vis de nsP1. Des analyses de relations structure/activité (SAR) ont également été initiées pour identifier les pharmacophores actifs. Ce travail montre que notre test permet de sélectionner des composés spécifiques ciblant le coiffage de l’ARNm des alphavirus. NsP3 consiste en un Macro domaine, un domaine de liaison au zinc et une région hypervariable. Le Macro domaine est essentiel à la réplication virale en fixant l’ADP-ribose (ADPr) et en dé-ribosylatant des protéines cellulaires. Nous avons effectué une étude structurale et fonctionnelle du Macro domaine du virus Getah (GETV) dont la séquence de la boucle catalytique présente des particularités. Cette étude a permis de caractériser plusieurs poses adoptées par l’ADPr dans le site actif. Ces poses peuvent représenter plusieurs instantanés du mécanisme de l’ADP-ribosylhydrolase, et mettent en lumière de nouveaux résidus à caractériser.