Diversité du Virus de l'Immunodéficience Humaine 1 (VIH-1) et évolution de la sensibilité aux anti-corps neutralisants : analyses au niveau individuel et au niveau populationnel

Diversity of Human Immunodeficiency Virus 1 and evolution of its sensitivity to neutralizing antibodies : analyses at the individual and the populationnal levels

• Auteur / Autrice : Karl Stefic
• Direction : Francis Barin, Antoine Chaillon
• Type : Thèse de doctorat
• Discipline(s) : Sciences de la vie et de la santé
• Date : Soutenance le 19/12/2018
• Etablissement(s) : Tours
• Ecole(s) doctorale(s) : École doctorale Santé, Sciences Biologiques et Chimie du Vivant (Centre-Val de Loire ; 2012-....)
• Partenaire(s) de recherche : Equipe de recherche : Morphogénèse et antigénicité du VIH et des virus des hépatites. Tours
• Jury : Président / Présidente : Caroline Denesvre
• Jury : Examinateurs / Examinatrices : Hugo Mouquet, Diane Descamps
• Jury : Rapporteur / Rapporteuse : Pascal Poignard, Samira Fafi-Kremer

Mots clés

Mots clés contrôlés

Séquençage à haut débit

Système nerveux central

Anticorps neutralisants

VIH (virus)

Mots clés libres

Virus de l’Immunodéficience Humaine (VIH)

Système nerveux central (SNC)

Compartimentation

Anticorps neutralisants

Single Genome Sequencing (SGS)

Évolution

Human Immunodeficiency Virus (HIV)

Central Nervous System (CNS)

Compartmentalization

Neutralizing Antibodies

Single Genome Sequencing (SGS)

Evolution

Résumé

Les anticorps neutralisants exercent une pression de sélection sur le VIH-1 et sont un des moteurs de son évolution. Nous nous sommes intéressés à la relation entre la diversité génétique du virus et la neutralisation par les anticorps, à l’échelle individuelle et à l’échelle populationnelle. À l’échelle de l’individu. nous avons étudié le phénomène de compartimentation du VIH-1 au niveau du système nerveux central. Nos résultats suggèrent que la pression de sélection par les anticorps neutralisants n’est pas responsable de l’évolution des variants neurotropes, observée au niveau du LCR. Nous avons également mis en évidence des spécificités de ces variants neurotropes. Dans une seconde partie, nous avons étudié la sensibilité à différents anticorps monoclonaux largement neutralisants de virus de clade CRF02_AG récemment transmis en France. Nous avons mis en évidence une augmentation de résistance à plusieurs anticorps, positivement corrélée à la diversification génétique des virus sur une période de quinze ans. Ceci est en faveur d’une répercussion de la pression de sélection exercée au niveau individuel sur la résistance croissante du VIH-1 à la neutralisation, à l’échelle populationnelle.

Neutralizing antibodies exert a selection pressure that drives HIV-1 evolution, playing a major role in its diversification. We were interested in the relationship between the genetic diversity of the virus and its neutralization by antibodies at both the individual and the populational levels. At the individual level, viral populations with distinct genetic properties have been observed in the central nervous system in about half of the subjects infected with HIV-1. We studied this phenomenon, termed compartmentalization. Our results suggest that the selection pressure by neutralizing antibodies is not responsible for the evolution pathway of neurotropic variants in the CSF. We also observed specific features for these neurotropic variants. In the second part of this work, we evaluated the sensitivity to broadly neutralizing antibodies of recently transmitted CRF02_AG viruses isolated in France. We observed an increased resistance to some monoclonal antibodies, which was positively correlated with the diversification of the viruses during the study period. This is in line with the hypothesis of the repercussion of the selection pressure within individuals towards a greater resistance of HIV-1 at the populational level.