Implémentation clinique du séquençage de nouvelle génération en France et au Québec : une analyse multidisciplinaire des implications pour les politiques publiques

Clinical implementation of next-generation sequencing technologies en France and Quebec : a multidisciplinary analysis of policy implications

• Auteur / Autrice : Gabrielle Bertier
• Direction : Anne Cambon-Thomsen, Yann Joly
• Type : Thèse de doctorat
• Discipline(s) : Bioethique
• Date : Soutenance le 29/08/2018
• Etablissement(s) : Toulouse 3
• Ecole(s) doctorale(s) : École doctorale Biologie Santé Biotechnologies (Toulouse)
• Partenaire(s) de recherche : Laboratoire : Epidémiologie et analyses en santé publique : risques, maladies chroniques, handicaps (Toulouse ; 2011-2020)

Mots clés

Mots clés contrôlés

Québec (Canada)

France

Aspect politique

Séquençage des acides nucléiques

Mots clés libres

Séquençage de nouvelle génération

Systèmes de santé

Politiques publiques

France

Québec

Next-generation sequencing

Health systems

Policy

France

Quebec

Résumé

La chute des prix des technologies de séquençage de nouvelle génération (NGS) s'est accompagnée de leur utilisation accrue, en recherche et en clinique. L'interprétation toujours meilleure des génomes humains peut permettre le développement de meilleures stratégies de prévention, de diagnostic et de traitement des maladies. Des investissements significatifs ont vu le jour dans de nombreux pays industrialisés en vue de réaliser les promesses de la médecine personnalisée. Cependant, le séquençage du génome complet de patients n'est offert en tant que test clinique que dans un nombre très limité d'établissements de santé dans le monde. La France et le Québec ont investi de manière considérable dans la recherche en génomique. Cependant, des décisions stratégiques doivent encore être prises quant à l'implémentation clinique des technologies NGS dans ces deux juridictions. Dès lors, l'objectif de ce projet est de contribuer à l'ensemble des preuves et faits à la disposition des décideurs publics. Nous avons focalisé notre attention sur deux technologies, le séquençage de l'exome (whole-exome sequencing, WES) et du génome complet (whole-genome sequencing, WGS). Notre objectif était d'établir si l'utilisation efficace et responsable du WES/WGS pouvait être mise en péril par des lacunes dans les politiques publiques ou cadres règlementaires et normatifs applicables. A l'heure actuelle, l'interprétation clinique de la séquence génomique ou exomique d'un patient nécessite l'intervention de nombreuses parties prenantes, y compris des chercheurs qui utilisent des outils, procédés et normes développés dans le cadre de la recherche pour analyser les données NGS. En parallèle, les cadres normatifs existants ont été construits pour accommoder les données génétiques, mais n'abordent pas la question des données génomiques. Notre hypothèse est que ces éléments créent un besoin de standardisation, qui pourrait requérir des adaptations du cadre normatif. Nous avons répondu à trois questions de recherches: (1) Quels enjeux les utilisateurs de technologies NGS soulèvent-il à propos de leur utilisation en clinique ? Pour répondre nous avons fait une étude systématique de la littérature. (2) Comment les données NGS de patients sont-elles à l'heure actuelle par des institutions de santé en France et au Québec ? Pour répondre nous avons réalisé une étude de cas multiples. (3) Y a-t-il des lacunes dans les cadres normatifs qui devraient être comblées pour assurer l'utilisation responsable, efficace et standardisée des données NGS en clinique ? [...]

The decreasing cost of next-generation sequencing (NGS) technologies has resulted in their increased use in research, and in the clinical context. Indeed, the correct interpretation of a human genome can enable better prevention, diagnosis and treatment strategies. Significant public investments in NGS have been made in various developed nations to realise the promise of personalized medicine. Yet, today the sequencing and analysis of a patient’s exome or genome is only offered as a clinical test in a limited number of clinics around the world. France and Quebec have made sizable investments in genomics research, and France announced the launch of a genomic medicine plan in 2016. However, policy decisions still have to be made on the nation-wide clinical implementation of NGS technologies in both jurisdictions. Therefore, this project’s objective was to contribute to the body of evidence available to policymakers in France and Quebec on the clinical implementation of NGS technologies. We focused our attention on two specific NGS technologies, namely Whole Genome Sequencing (WGS), and Whole Exome Sequencing (WES). We specifically aimed to assess if the responsible and efficient use of WES/WGS data in the context of clinical care could be impeded by policy gaps. Currently, the clinical interpretation of a patient’s genome sequence data is done through the intervention of many stakeholders including basic science researchers. These researchers use bioinformatics tools, processes and norms developed for research to filter and analyse patients NGS data. In parallel, existing regulatory and normative frameworks have been developed for the use of genetic data, and include no clear definition of genomic data or genomic technologies. We hypothesised that these elements create a strong need for standardization of practices, and may require adaptations of current regulatory and normative frameworks to the context of NGS. We therefore aimed to answer three research questions: (1) What issues do technology users experience and foresee when using WES data to inform patient care? To answer this, we performed a systematic review of the literature. (2) How are patients’ NGS data currently managed (produced, analysed, interpreted and shared) in clinical institutions in Quebec and in France? We answered this by performing a case studies analysis, interrogating key stakeholders directly involved in managing patients’ NGS data in France and Quebec. (3) Are there gaps in the current regulatory and normative frameworks which should be addressed to enable a responsible and efficient standardized use of NGS data in the clinic? [...]