Étude du déterminisme moléculaire des Interactions compatibles et incompatibles Vitis vinifera-Nepovirus-Nicotiana occidentalis (InViNNo)

Study of the molecular determinism of compatible and incompatible interactions Vitis vinifera-Nepovirus-Nicotiana occidentalis (InViNNo)

• Auteur / Autrice : Isabelle Martin
• Direction : Olivier Lemaire, Corinne Schmitt-Keichinger
• Type : Thèse de doctorat
• Discipline(s) : Virologie : aspects moléculaires et médicaux
• Date : Soutenance le 30/11/2018
• Etablissement(s) : Strasbourg
• Ecole(s) doctorale(s) : École doctorale des Sciences de la vie et de la santé (Strasbourg ; 2000-....)
• Partenaire(s) de recherche : Laboratoire : Santé de la vigne et qualité du vin (Strasbourg)
• Jury : Président / Présidente : Marc Fuchs
• Jury : Examinateurs / Examinatrices : Olivier Lemaire, Corinne Schmitt-Keichinger, Marc Fuchs, Sylvie German-Retana, Emmanuel Jacquot, Thierry Heitz, Marie-Claude Mauro, Emmanuelle Vigne
• Jury : Rapporteurs / Rapporteuses : Sylvie German-Retana, Emmanuel Jacquot

Mots clés

Mots clés contrôlés

Résistance aux virus

Séquençage à haut débit

Transcriptome

Pathogénicité

Nepovirus

Métabolisme

Virus

Court-noué

Mots clés libres

Restriction virale

Gène-pour-gène

Pathogenèse

Symptômes

Vitis vinifera

Interaction

Résistance

GFLV

Séquençage à haut débit

Viral restriction

Gene-for-gene

Pathogenesis

Symptoms

Vitis vinifera

Interaction

Resistance

GFLV

High throughput sequencing

Résumé

Le Grapevine fanleaf virus (genre Nepovirus) est l'agent principal du court-noué de la vigne. Il induit des symptômes très variables. Ce travail présente une étude mécanistique de la symptomatologie du GFLV sur un hôte herbacé et sur l'hôte d’intérêt agronomique. Par détection de marqueurs biochimiques et moléculaires j'ai montré que le GFLV-F13 induit une réponse hypersensible (HR) sur N. occidentalis et une restriction partielle du virus. J'ai identifié puis cartographié le déterminant viral de cette HR en utilisant des réassortants, des recombinants et des variants naturels du virus. Sur vigne, sur un dispositif expérimental unique en son genre, j'ai mené une approche sans a priori d’étude transcriptomique par RNA-Seq. J'ai comparé des vignes du cépage gewurztraminer mono-infectées par une souche sévère induisant des symptômes de rabougrissement et par une souche plus modérée. 1 023 gènes sont spécifiquement dérégulés par la souche sévère parmi lesquels des gènes impliqués dans la régulation de la HR. Ce résultat permet de proposer pour la première fois qu'une HR pourrait être mise en place dans la vigne en réponse à une infection virale.

Grapevine fanleaf virus (genus Nepovirus) the causative agent of fanleaf degeneration, induces variable symptoms. This manuscript presents a mechanistic study of GFLV symptomatology on both an herbaceous model plant and an agronomically important crop plant.On N. occidentalis, I demonstrated that GFLV-F13 induces a reaction exhibiting hallmarks of a hypersensitive response (HR), partially restricting virus spread. Using reassortants, recombinants and natural variants of the virus, I could identify and map the viral determinant of this HR. On grapevine, I took advantage of a unique experimental set-up and used RNA-Seq to compare the transcriptoms of Gewurztraminer plants infected with two different GFLV strains, one of which induced stunting symptoms and the other mild symptoms. 1,023 genes among which genes involved in the regulation of HR, were specifically regulated by the more severe strain This is the first hint of a HR taking place in grapevine in response to a virus infection.