Visualisation de protéines individuelles pour la quantification à haute sensibilité du lysat cellulaire
Auteur / Autrice : | Simon Leclerc |
Direction : | Youri Arntz, Yuichi Taniguchi |
Type : | Thèse de doctorat |
Discipline(s) : | Biologie moléculaire |
Date : | Soutenance le 24/08/2018 |
Etablissement(s) : | Strasbourg |
Ecole(s) doctorale(s) : | École doctorale des Sciences de la vie et de la santé (Strasbourg ; 2000-....) |
Partenaire(s) de recherche : | Laboratoire : Laboratoire de bioimagerie et pathologies (Strasbourg ; 2018-....) |
Jury : | Président / Présidente : Csilla Gergely |
Examinateurs / Examinatrices : Youri Arntz, Yuichi Taniguchi, Csilla Gergely, Frédéric Cuisinier, Dominique Vautier | |
Rapporteurs / Rapporteuses : Csilla Gergely, Frédéric Cuisinier |
Mots clés
Résumé
La quantification du protéome à très haute sensibilitée n’est actuellement pas réalisable, et est un problème pour l’analyse de cellule isolée, d’échantillon rare ou pour la détection de protéine de faible abondance. Afin d’améliorer la sensibilité, une idée est d’utiliser un microscope capable de détecter des protéines individuellement. Il faut pour cela dans un premier temps mesurer la proportion du protéome actuellement marquée par une sonde fluorescente afin de pouvoir faire des mesures quantitatives. Avec des conditions dénaturantes et la détection des amines, on arrive à marquer jusqu’à 75% du protéome d’un lysat cellulaire, avec un marquage plus efficace quand la protéine est de grande taille. Dans un deuxième temps, il faut séparer par la taille le protéome afin de réaliser un profil protéique. Si la puce microfluidique ne permet pas la réalisation d’un profil avec une résolution, le micro SDS-PAGE en est capable en permettant également l’observation du profil par microscopie, autorisant la détection jusqu’à 10 ng de protéines par bande et ainsi permettant d'obtenir un profil à partir de seulement 100 cellules. Cette sensibilité a permis l’identification de quatre lignées cellulaires de cancer du sein, avec un fort potentiel pour une application pour le diagnostic de cellule cancéreuse provenant de petite biopsie, plus facile pour le patient.