L’organisation fonctionnelle et spatiale de la chromatine pendant le développement des lymphocytes T

The functional and spatial organization of chromatin during Thymocyte development

• Auteur / Autrice : Yousra Ben Zouari
• Direction : Thomas Sexton
• Type : Thèse de doctorat
• Discipline(s) : Aspects moléculaires et cellulaires de la biologie
• Date : Soutenance le 03/05/2018
• Etablissement(s) : Strasbourg
• Ecole(s) doctorale(s) : École doctorale Sciences de la vie et de la santé (Strasbourg ; 2000-....)
• Partenaire(s) de recherche : Laboratoire : Institut de génétique et de biologie moléculaire et cellulaire (Strasbourg)
• Jury : Président / Présidente : Evi Soutoglou
• Jury : Examinateurs / Examinatrices : Simona Saccani, Philippe Kastner, Valentina Boeva
• Jury : Rapporteurs / Rapporteuses : Simona Saccani, Thomas Manke

Mots clés

Mots clés contrôlés

Conformation

Chromatine

Analyse conformationnelle

Génomique

Transcription génétique

Mots clés libres

3D architecture de génome

CHi-C

Hi-C

Développement des lymphocytes T

Facteur de transcription

Enhancers

Transcription

Épigénétique

Boucles chromatiniennes

Domaines topologiques

3D genome architecture

CHi-C

Hi-C

Thymocyte differentiation

Transcription factors

Enhancers

Transcription

Epigenetic

Chromatin loops

TADs

Résumé

Malgré les vastes études démontrant le rôle de la conformation génomique dans le contrôle transcriptionnel, de nombreuses questions restent en suspens, et en particulier, comment ces structures chromatiniennes sont formées et maintenues. Pour mieux comprendre les liens entre l’état de la chromatine au niveau des éléments régulateurs, la topologie de la chromatine et la régulation de la transcription, nous utilisons la technique CHi-C basée sur la technologie de capture de la conformation chromosomique (3C). En utilisant deux stratégies de capture ciblant deux différentes structure chromatiniennes (les boucles chromatiniennes et les domaines topologiques), nous avons pu décrypter la structure chromatinienne associée à la différenciation des thymocytes et mettre en évidence des mécanismes de contrôle transcriptionnel de certains gènes. Les expériences futures de l’équipe vont consister à examiner les facteurs (hors transcription) qui peuvent influencer l'architecture de la chromatine, comme la liaison différentielle des CTCF, et comment ces facteurs peuvent être coordonnés par le contrôle de transcription.

Chromosome folding takes place at different hierarchical levels, with various topologies correlated with control of gene expression. Despite the large number of recent studies describing chromatin topologies and their correlations with gene activity, many questions remain, in particular how these topologies are formed and maintained. To understand better the link between epigenetic marks, chromatin topology and transcriptional control, we use CHi-C technique based on the chromosome conformation capture (3C) method. By using two capture strategies targeting two different chromatin structures (chromatin loops and topological domains), we have been able to decipher the chromatin structure associated with thymocyte differentiation and to highlight mechanisms for the transcriptional control of certain genes. Future experiments of the lab will examine mechanisms other than transcription which may influence chromatin architecture, such as differential binding of CTCF, and how these may interplay with transcriptional control and chromatin architecture.