Caractérisation et ciblage de la reconnaissance dynamique de Trp37-G lors de l’interaction de la protéine NCp7 de HIV-1 avec des acides nucléiques
Auteur / Autrice : | Rajhans Sharma |
Direction : | Yves Mély |
Type : | Thèse de doctorat |
Discipline(s) : | Biophysique et biologie structurale |
Date : | Soutenance le 10/04/2018 |
Etablissement(s) : | Strasbourg |
Ecole(s) doctorale(s) : | École doctorale des Sciences de la vie et de la santé (Strasbourg ; 2000-....) |
Partenaire(s) de recherche : | Laboratoire : Laboratoire de biophotonique et pharmacologie (Strasbourg) |
Jury : | Président / Présidente : Barbara Gatto |
Examinateurs / Examinatrices : Jérémie Léonard | |
Rapporteurs / Rapporteuses : Barbara Gatto, Florence Mahuteau-Betzer |
Mots clés
Mots clés contrôlés
Résumé
La protéine de la nucléocapside (NC) possède un rôle important dans le cycle de viral du VIH-1 grâce à sa propriété chaperone des acides nucléiques (NA) qui implique la reconnaissance de son résidu Trp37 avec un résidu Guanine de l'acide nucléique cible. Nous avons caractérisé cette reconnaissance dynamique Trp37-G en utilisant des séquences impliquées dans la transcription inverse et l'assemblage de l'ARN génomique. En utilisant les analogues nucléosidiques fluorescents thienoguanosine (thG) et 2-thiényl-3-hydroxychromone (3HCnt), nous avons déterminé l'ensemble des constantes de vitesse cinétiques du mécanisme d’hybridation de la séquence (-)PBS avec (+)PBS en absence et en présence de NC. Nous avons également étudié le rôle du NA sucre dans les complexes NC-ARN et NC-ADN, puisque la protéine NC se lie avec la polarité opposée aux séquences d'ADN et d'ARN. Nous avons confirmé que l'interaction du résidu Trp37 avec les amino-acides de type guanines était critique lors de la formation des complexes avec les deux mutants d’ARN et d’ADN de PBS et de SL3. Enfin, nous avons réalisé un criblage de potentiels inhibiteurs de la protéine NC et examiné les touches identifiées à partir d’un test basé sur la fluorescence de la sonde thG.