Thèse soutenue

Organisation nucléaire et régulation d’expression des gènes dans les cellules souches embryonnaires murines par les longs ARN non-codants
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Auteur / Autrice : Alexandra Tachtsidi
Direction : Pablo Navarro Gil
Type : Thèse de doctorat
Discipline(s) : Génétique
Date : Soutenance le 11/12/2018
Etablissement(s) : Sorbonne université
Ecole(s) doctorale(s) : École doctorale Complexité du vivant (Paris)
Partenaire(s) de recherche : Laboratoire : Institut Pasteur (Paris). Epigénomique, prolifération et identité cellulaire (2019-....)
Jury : Président / Présidente : Antonin Morillon
Examinateurs / Examinatrices : Julie Chaumeil, Claire Francastel
Rapporteurs / Rapporteuses : Robert Feil, Constance Ciaudo

Résumé

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Le noyau est extrêmement structuré et il a été démontré que les longs ARN non-codants (lncRNAs) sont impliqués dans l'organisation nucléaire en établissant la compartimentation nucléaire, par les domaines sous-nucléaires ou des interactions à longue portée dans l'espace nucléaire. Une approche robuste pour l'identification de telles molécules fait toutefois défaut. Nous avons mis en place une approche expérimentale permettant d'identifier les lncRNAs «structurels» à l'échelle du génome. Basé sur la propriété biochimique de certains lncRNAs à résister l’extraction de la matrice nucléaire, quand l’ADN et les molécules solubles sont enlevés, nous avons effectué des préparations de matrice nucléaire en utilisant des cellules souches embryonnaires murines, purifié la fraction d’ARN et exploré ses constituants par RNA-seq. Nous avons identifié des transcrits (non-extracted RNAs, nextRNAs) potentiellement impliqués dans l'organisation fonctionnelle du noyau. Nous avons notamment détecté des transcrits précédemment pas annotées et axé notre travail sur deux gènes: NextC1 (Next Candidate 1) et 2. Nous les avons caractérisées au niveau fonctionnel et phénotypique en explorant leur profil d’expression dans différents contextes de culture et lignées cellulaires dérivées de l'embryon. Leur localisation subcellulaire a été évaluée par RNA-FISH. Des analyses de perte et de gain de fonction ont été effectuées en ciblant leurs régions promotrices avec le système CRISPR/Cas9 et les systèmes dérivés de CRISPR pour l'inhibition ou l'activation de la transcription. Nombreuses de ces analyses fonctionnelles ont ensuite été soumis à RNA-seq et une analyse de données intégrative est en cours.