Caractérisation des séquences d'insertions ISCR bactériennes impliquées dans la résistance aux antibiotiques
Auteur / Autrice : | Claire Lallement |
Direction : | Marie-Cécile Ploy, Thomas Jové |
Type : | Thèse de doctorat |
Discipline(s) : | Immunologie, microbiologie, virologie, parasitologie |
Date : | Soutenance le 05/10/2018 |
Etablissement(s) : | Limoges |
Ecole(s) doctorale(s) : | École doctorale Sciences Biologiques et Santé (Limoges ; 2018-2022) |
Partenaire(s) de recherche : | Laboratoire : Anti-infectieux : supports moléculaires des résistances et innovations thérapeutiques (Limoges) |
Jury : | Examinateurs / Examinatrices : Chantal Jayat-Vignoles, Vincent Cattoir |
Rapporteurs / Rapporteuses : Corinne Arpin, Ivan Matic |
Mots clés
Mots clés contrôlés
Mots clés libres
Résumé
Les ISCR constituent une famille de séquences d’insertions bactériennes décrits récemment dans des contextes cliniques et d’antibiorésistance. Les transposases codées par ces IS appartiennent à la famille des HUH transposases qui transposent selon un mécanisme en cercle roulant. Néanmoins, aucune donnée expérimentale n’existe à ce jour. La famille ISCR compte 19 membres mais ont été peu caractérisés. C’est pourquoi, nous avons fait une mise à jour des informations sur ces éléments en analysant in silico les principales caractéristiques par une étude in silico. Nous nous sommes ensuite intéressés à l’implication de l’élément ISCR1 dans l’expression de la région variable en aval. Cet élément contient deux promoteurs orientés vers l’extérieur (POUT) dans sa région en 3’. Après une analyse de la diversité des gènes, nous avons remarqué que la plupart des gènes en aval étaient orientés dans le même sens que ces POUT et qu’ils pouvaient être exprimés à partir des deux promoteurs. Nous avons montré que pour deux gènes de résistance dfrA19 et blaCTX-M-9, ces promoteurs augmentent le niveau d’expression. De plus, la région contenant les deux promoteurs est nécessaire pour que l’expression de blaCTX-M-9 confère un phénotype de résistance. En parallèle, nous avons déterminé la régulation du promoteur du gène de la transposase de ISCR1. Nous avons identifié des motifs de régulation pour les régulateurs LexA et OmpR et déterminé expérimentalement que le promoteur du gène de la transposase de ISCR1 était régulé de façon négative par la protéine LexA, régulateur majeur de la réponse SOS et de façon positive par la protéine OmpR en conditions hypo-osmotiques. Nous proposons donc un modèle selon lequel ISCR1 est un élément dont la mobilité serait conditionnée par des facteurs environnementaux et en même temps, assurerait l’expression constitutive de gènes en aval, notamment impliqués dans l’antibiorésistance.