Développement d'une nouvelle trousse de PCR en temps réel pour la détection et la quantification du Torque Teno Virus (TTV) et évaluation de sa place dans le suivi de l'état immunitaire de patients transplantés de rein

Development of a new real-time PCR kit for the detection and quantification of Torque Teno Virus (TTV) and evaluation of its role in monitoring the immune status of kidney transplant patients

• Auteur / Autrice : Dorian Kulifaj
• Direction : Sophie Alain, Côme Barranger
• Type : Thèse de doctorat
• Discipline(s) : Biologie Sciences Santé
• Date : Soutenance le 21/06/2018
• Etablissement(s) : Limoges
• Ecole(s) doctorale(s) : École doctorale biologie-santé - Bio-santé (Limoges ; 2009-2018)
• Partenaire(s) de recherche : Laboratoire : Anti-infectieux : supports moléculaires des résistances et innovations thérapeutiques (Limoges)
• Jury : Examinateurs / Examinatrices : Marie Essig, Fabrizio Maggi
• Jury : Rapporteur / Rapporteuse : Samira Fafi-Kremer, Sylvie Pillet

Mots clés

Mots clés contrôlés

Virus TTV

Rejet de greffe

Immunosuppression

Rein -- Transplantation

Mots clés libres

Transplantation

Immunosuppression

Infections virale

Rejet

Torque teno virus

Quantification

Test de qPCR standardisé

Transplantation

Immunosuppression

Viral Infections

Rejection

Torque teno virus

Quantification

Standardized qPCR Test

Résumé

Contexte : Le virus Torque Teno (TTV) est un petit virus à ADN fortement prévalent dont la réplication est étroitement liée à l'état immunitaire. Un nombre croissant de publications soulignent le potentiel de la charge virale du TTV en tant qu'indicateur d'immunosuppression chez les patients transplantés. Des tests cliniques sont nécessaires pour caractériser davantage son potentiel en tant que marqueur d'immunosuppression.Objectifs : Présentation de la faisabilité/optimisation et démonstration des performances analytiques et cliniques du premier test standardisé utilisé pour détecter et quantifier l'ADN du TTV humain dans le sang total et le plasma de diverses populations. La charge virale du TTV a été analysée sur des échantillons de sang total prélevés chez 31 volontaires sains, chez 53 donneurs de reins décédés et cours du suivi de 42 receveurs d’une greffe de rein.Résultats : La limite de détection de la trousse développée était de 2,2 log10 copies/ml dans le sang total et le plasma, la linéarité et la précision ont été démontrées entre 1,61 et 10,61 log10 copies/ml dans le sang total. La prévalence de l'ADN du TTV dans le sang variait significativement entre les groupes : 45% chez les volontaires sains, 74% chez les donneurs et 83% chez les receveurs de rein. Chez les receveurs de rein, les cinétiques TTV précoces étaient comparables à celles précédemment présentées dans la littérature (dans d'autres contextes de transplantation) : la charge virale est passée d'une moyenne de 4,3 log10 à 7,9 log10 copies/mL dans les 75 premiers jours post transplantation. L’analyse des séquences de TTV par séquençage haut débit nous a permis de décrire la prévalence des génotypes de TTV chez 20 donneur et receveurs appariés.Conclusion : Ce test TTV a montré une sensibilité analytique, une spécificité, une linéarité et une précision élevée. Avec ce test, la cinétique précoce chez les receveurs de rein est proche de celle précédemment décrite chez les receveurs de greffe de poumon. C'est un outil standardisé utile pour évaluer davantage la charge de TTV en tant que biomarqueur de l'état immunitaire qui pourrait améliorer la stratégie de traitement individuel.

Background: Torque teno viruses (TTV) are small DNA viruses with high prevalence whose replication is closely linked to immune status. A growing number of publications underlined the potential of TTV viral load as an indicator of immunosuppression. Clinical assays are necessary to further characterize their potential as immunosuppression markers.Objectives: To demonstrate the performance of the first standardized Research Use Only assay to detect and quantify human TTV DNA in whole blood and plasma.Study design: We established analytical and clinical performances for TTV load measurement in various populations. The TTV kinetics were followed in kidney recipients. TTV viral load was analyzed on whole blood samples from 31 healthy volunteers, 53 kidney deceased donors and 42 kidney recipients follow-up.Results: Limit of detection was 2.2 log copies/mL in whole blood and plasma, linearity and precision were demonstrated over the range 1.61 to 10.61 log10 copies/mL in whole blood. Prevalence of TTV DNA in blood differed significantly among groups: 45% in healthy volunteers, 74% in donors and 86% in kidney recipients. In kidney recipients, early TTV kinetics were comparable to those previously observed with in-house assays in other transplant settings: viral load increased from an average of 4.3 log10 to 7.9 log10 copies/mL within the first 75 days post transplantation. Sequence analysis of TTV by high throughput sequencing allowed us to describe the prevalence of TTV genotypes in 20 matched donors and recipients.Conclusion: This TTV assay showed high analytical sensitivity, specificity, linearity and precision. With this assay, early kinetics in kidney recipients are close to that previously described in lung transplant recipients. It is a useful standardized tool to further evaluate TTV load as a biomarker of immune status that could improve individual treatment strategy.