Étude de la flore bactérienne et de sa résistance aux antibiotiques des produits de la pêche et de l'aquaculture

Antibiotic resistance study of bacterial flora isolated from seafood products

• Auteur / Autrice : Arnaud Briet
• Direction : Graziella Midelet
• Type : Thèse de doctorat
• Discipline(s) : Microbiologie-Antibiorésistance
• Date : Soutenance le 11/12/2018
• Etablissement(s) : Littoral
• Ecole(s) doctorale(s) : École doctorale Sciences de la matière, du rayonnement et de l'environnement (Lille ; 1992-....)
• Partenaire(s) de recherche : EPCA : Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (France ; 2010-....)
• Partenaire(s) de recherche : Financeur : Hauts-de-France. Conseil régional
• Partenaire(s) de recherche : Laboratoire : Anses Laboratoire de Boulogne sur Mer
• Jury : Président / Présidente : Didier Hocquet
• Jury : Examinateurs / Examinatrices : Graziella Midelet, Marie-France Pilet, Gérard Lina, Jean-Yves Madec, Sophie A. Granier
• Jury : Rapporteur / Rapporteuse : Marie-France Pilet, Gérard Lina

Mots clés

Mots clés contrôlés

Enquêtes

Santé publique

Vibrio parahaemolyticus

Résistance aux antibiotiques

Microflore

Produits d'aquaculture

Produits de la pêche

Mots clés libres

Flore bactérienne

Antibiorésistance

Produits de la pêche et de l'aquaculture

Carbapénémase NDM-1

MALDI-TOF

Séquençage de gènes de ménage

Vibrio parahaemolyticus

Seuils épidémiologiques

Bacterial flora

Antibiotic resistance

Seafood

Carbapenemase NDM-1

MALDI-TOF

Sequencing of maintenance genes

Vibrio parahaemolyticus

Epidemiological cut-off

Résumé

La résistance aux antibiotiques est un enjeu de santé publique mondiale. L'alimentation est une des voies de contamination des bactéries résistantes aux antibiotiques entre l'environnement et l'Homme. Toutefois, les données concernant les bactéries résistantes aux antibiotiques dans les produits aquatiques sont rares. L'objectif de ces travaux a été d'étudier la flore bactérienne et sa résistance aux antibiotiques dans les produits de la pêche et de l'aquaculture. Dans un premier temps, la flore bactérienne mésophile cultivable a été isolée de 9 matrices différentes puis identifiée par la technique MALDI-TOF et/ou du séquençage de différents gènes de ménage. Au final, 1882 isolats bactériens ont été obtenus, et 150 espèces et 57 genres bactériens ont été identifiés. Dans un deuxième temps, nous avons étudié la résistance aux antibiotiques des genres bactériens les plus fréquemment isolés de ces produits. La résistance aux antibiotiques des genres Enterococcus, Staphylococcus, Exiguobacterium, Pseudomonas, Vibrio et Proteus a donc été étudiée. Au total, 46% des isolats étaient résistants aux antibiotiques et 3% étaient multi-résistants. Les crevettes étaient le produit dans lequel le plus de souches résistantes aux antibiotiques ont été identifiée. Et dans un troisième temps, la résistance aux antibiotiques d'une collection de souche de Vibrio parahaemolyticus, espèce bactérienne pathogène alimentaire pour l'homme, a été étudiée. Concernant V. parahaemolyticus, 15% des souches étaient résistantes et 3% des souches étaient multi-résistantes. Une souche, 16-B3PA-006, isolées de crevettes importées d'Asie du Sud-Est produisait une carbapénèmase NDM-1 et était résistante à 5 classes d'antibiotiques.

Antimicrobial resistance is a threat to global public health. Human can be contaminated by antibiotic resistant bacteria through food. However, data on antimicrobial resistant bacteria in seafood are scarce. The aim of this thesis was to study seafood bacterial flora and its antimicrobial resistance. First, mesophilic flora was obtained from 9 matrixes and MALDI-TOF and housekeeping genes sequencing technics were used to identify isolates. Antimicrobial resistance of most frequently bacteria were tested. In total, 1882 isolates were obtained and 150 bacterial species and 57 genera were identified. Enterococcus, Staphylococcus, Exiguobacterium, Pseudomonas, Vibrio and Proteus were most frequently isolated and their antimicrobial resistance was studied. Antibiotic resistant bacteria accounted for 46% of isolates and multidrug resistant bacteria accounted for 3% of isolates. Antimicrobial resistant bacteria were mostly isolated from shrimps. On a side study, antimicrobial resistance of a V.parahaemolyticus strain collection isolated from seafood was characterized. Antimicrobial resistant strains accounted for 15% and multi-drug resistant bacteria accounted for 3%. A NDM-1-producing multidrug resistant strain, 16-B3PA-006 was identified from shrimps imported from South-East Asia.