Thèse soutenue

Description du microbiote intestinal humain par culturomics

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Auteur / Autrice : Melhem Bilen
Direction : Didier RaoultZiad Daoud
Type : Thèse de doctorat
Discipline(s) : Pathologie humaine. Maladies infectieuses
Date : Soutenance le 05/07/2018
Etablissement(s) : Aix-Marseille
Ecole(s) doctorale(s) : Ecole Doctorale Sciences de la Vie et de la Santé (Marseille)
Partenaire(s) de recherche : Laboratoire : Méditerranée Infection - Mephi (Marseille)
: Assistance publique-hôpitaux de Marseille
Jury : Président / Présidente : Jean-Christophe Lagier
Examinateurs / Examinatrices : Jean-Christophe Lagier, Raymond Ruimy, Antoine Andremont, Dolla Sarkis
Rapporteurs / Rapporteuses : Raymond Ruimy, Antoine Andremont

Résumé

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Le microbiote intestinal humain a été fortement corrélé avec la santé humaine et les maladies et a montré un potentiel dans les développements thérapeutiques. La métagénomique a déjà montré qu'elle était capable de générer beaucoup de données, dont certaines sont dénuées de sens et constituaient la "matière noire". Alors culturomics a été développée pour compléter la métagénomique en ciblant des espèces bactériennes précédemment non cultivées. En utilisant la culturomics, nous avons décrit le microbiote intestinal humain des Pygmées et réussi à isoler un nombre significatif d'espèces bactériennes parmi lesquelles 38 étaient de nouvelles espèces. En comparant les résultats métagénomiques aux données culturomics, on constate que seulement 26% des espèces isolées ont été récupérées par métagénomique et que jusqu'à 59% des Operational taxonomic units détectées correspondaient à de nouvelles espèces bactériennes isolées par culturomique dans cette étude ou dans les précédentes.