Dissection de la relation génotype-phénotype par des études d'association chez Saccharomyces cerevisiae

Genotype-phenotype relationship exploration by genome-wide association studies in yeast

• Auteur / Autrice : Jackson Peter
• Direction : Joseph Schacherer
• Type : Thèse de doctorat
• Discipline(s) : Bioinformatique
• Date : Soutenance le 25/09/2017
• Etablissement(s) : Strasbourg
• Ecole(s) doctorale(s) : École doctorale des Sciences de la vie et de la santé (Strasbourg ; 2000-....)
• Partenaire(s) de recherche : Laboratoire : Génétique moléculaire, génomique et microbiologie (Strasbourg)
• Jury : Président / Présidente : Odile Lecompte
• Jury : Examinateurs / Examinatrices : Patrick Wincker
• Jury : Rapporteurs / Rapporteuses : Jürg Bähler, Bernard Dujon

Mots clés

Mots clés contrôlés

Amélioration génétique

Saccharomyces cerevisiae

Étude d'association pangénomique

Métagénomique

Mots clés libres

Génomique des populations

Études d’association

Levure

Population genomics

Genome-wide association studies

Yeast

Résumé

Un objectif central en biologie est de comprendre la relation entre le génotype et le phénotype. Afin de disséquer les bases génétiques de la diversité phénotypique, il est nécessaire de disposer d’une collection de données génomiques d’un grand nombre d’individus d’une même espèce. Dans ce but, mes travaux de thèse se basent sur l’étude des séquences génomiques ainsi que des données phénotypiques de 1011 isolats naturels de la levure Saccharomyces cerevisiae. Dans un premier temps, je me suis intéressé à la description de la variation génétique et phénotypique pour dresser un portrait précis de l’histoire évolutive de cette espèce. Les données de phénotypage nous ont permis de réaliser des études pangénomiques d’association génotype-phénotype avec une puissance jusque là inégalée chez Saccharomyces cerevisiae. Je me suis par la suite penché sur l’évaluation des paramètres influençant le pouvoir de détection d’une telle approche, d’en apprécier limites pour tenter de les contourner.

Elucidating the genetic origin of phenotypic diversity among individuals within the same species is essential to understand evolution. Using whole genome sequences of 1,011 Saccharomyces cerevisiae isolates, my work sought to describe intraspecific genetic variation and investigate of its phenotypic consequences. Doing so, I obtained a precise view of the evolutionary history of S. cerevisiae. Phenotypic characterization provided the opportunity to perform genotype-phenotype genome-wide association studies with unprecedented power. I then focused on the evaluation of the parameters influencing genome-wide association studies, the appreciation of the limits of such an approach, and ways to circumvent them.