Evolution sous-clonale dans le neuroblastome
Auteur / Autrice : | Paul Deveau |
Direction : | Olivier Delattre, Valentina Boeva |
Type : | Thèse de doctorat |
Discipline(s) : | Recherche clinique, innovation technologique, santé publique |
Date : | Soutenance le 27/06/2017 |
Etablissement(s) : | Université Paris-Saclay (ComUE) |
Ecole(s) doctorale(s) : | École doctorale Cancérologie : biologie-médecine-santé (Villejuif, Val-de-Marne ; 2015-....) |
Partenaire(s) de recherche : | Laboratoire : Cancer, Hétérogénéité, Instabilité et Plasticité - Institut Cochin (Paris ; 2002-....) |
établissement opérateur d'inscription : Université Paris-Sud (1970-2019) | |
Jury : | Président / Présidente : Christian Auclair |
Examinateurs / Examinatrices : Olivier Delattre, Valentina Boeva, Christian Auclair, Jan Koster, Hugues Roest Crollius, Gudrun Schleiermacher, Fabien Calvo | |
Rapporteurs / Rapporteuses : Jan Koster, Hugues Roest Crollius |
Mots clés
Mots clés contrôlés
Mots clés libres
Résumé
Le neuroblastome est le cancer solide extra-cranial le plus fréquent chez l’enfant. Il est caractérisé par une très grande hétérogénéité tant au niveau clinique que moléculaire. Alors que certains patients rentrent spontanément en rémission, on peut se demander quels facteurs permettent la réémergence du cancer chez d’autres malgré traitement. Pour répondre à cette question, il convient d’identifier chez les patients ayant rechuté, les différentes populations clonales coexistant au diagnostic et/ou à la rechute. Cela permet, entre autre, d’étudier les voies différemment altérées entre ces deux temps. Dans cette optique, nous présentons ici QuantumClone, un algorithme de reconstruction clonal à partir de données de séquençage, ainsi que son application à une cohorte de patients souffrant d’un neuroblastome. Sur ces données, l’application de notre méthode a permis d’identifier des différences dans le ratio de variants prédits fonctionnels par rapport à ceux prédits passagers entre les populations ancestrales, enrichies à la rechute ou appauvries à la rechute.