Thèse soutenue

Phylogénie et tropisme de Cutibacterium acnes : impact sur la réaction inflammatoire et la réaction immunitaire lors des infections sur implant
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Auteur / Autrice : Guillaume Aubin
Direction : Karim AsehnouneStéphane Corvec
Type : Thèse de doctorat
Discipline(s) : Biologie, Médecine, Santé
Date : Soutenance le 27/06/2017
Etablissement(s) : Nantes
Ecole(s) doctorale(s) : École doctorale Biologie-Santé Nantes-Angers
Partenaire(s) de recherche : COMUE : Université Bretagne Loire (2016-2019)
Jury : Président / Présidente : Didier Lepelletier
Examinateurs / Examinatrices : Jean-Philippe Lavigne
Rapporteurs / Rapporteuses : Francis Mégraud, Vincent Cattoir

Mots clés

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Résumé

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L’objectif de cette thèse a été d’étudier la physiopathologie des infections à Cutibacterium (anciennement Propionibacterium) acnes). D’un point de vue phylogénique, nous avons démontré par MLST la prédominance des complexes clonaux (CC) 36 et 53 au sein des infections sur prothèse articulaire et celles des CC18 et 28 au sein des isolats responsables d’acné ou d’infection sur matériel rachidien. Grâce à un modèle de Caenorhabditis elegans, nous avons identifié deux groupes de virulence chez C. acnes. Ces groupes n’étaient pas corrélés au CC ou à l’origine clinique des isolats. Les études d’interaction de C. acnes avec les cellules osseuses ont montré que les isolats appartenant au CC36 ne sont pas internalisés par les ostéoblastes et les ostéoclastes contrairement aux isolats appartenant aux CC18/28. Par ailleurs, ces derniers sont capables de persister au sein des ostéoblastes pendant au moins 96 heures. Les souches de C. acnes diminuent in vitro la résorption osseuse avec un effet plus marqué pour les isolats du CC36. L’analyse par séquençage du génome entier a révélé 27 gènes de C. acnes potentiellement liés au phénotype d’internalisation cellulaire. Les études d’interaction de C. acnes avec les cellulaires immunitaire ont révélé, grâce à un modèle de granulome in vitro, que les isolats appartenant au CC36 orientent la réponse immunitaire vers le recrutement de lymphocytes CD8+ alors que les isolats du CC18/28 orientent cette réponse vers le recrutement de lymphocytes CD4+. L’isolat S8 issu d’un ganglion d’un patient atteint de sarcoïdose engendrait la formation d’un plus grand nombre de granulomes. L’étude de souches cliniques de C. acnes résistantes à la rifampicine nous a permis de caractériser sur le plan moléculaire les mutations au sein du gène rpoB responsables de cette résistance. Au décours de ce travail, nous avons identifié et décrit une nouvelle espèce au sein du phylum des Actinobacteria : Propionibacterium namnetense. L’ensemble de ces travaux apporte de nouvelles explications sur le développement des infections à C. acnes à travers le prisme de la phylogénie de cette bactérie.