Candidoses invasives en réanimation : données épidémiologiques, élaboration d’un score prédictif et mise au point de PCR pour le diagnostic

Invasive candidiasis in intensive care unit : epidemiology, development of a predictive score and PCR for the diagnosis

• Auteur / Autrice : Milène Sasso
• Direction : Laurence Lachaud
• Type : Thèse de doctorat
• Discipline(s) : Biologie Santé
• Date : Soutenance le 10/07/2017
• Etablissement(s) : Montpellier
• Ecole(s) doctorale(s) : Sciences Chimiques et Biologiques pour la Santé (Montpellier ; Ecole Doctorale ; 2015-....)
• Partenaire(s) de recherche : Laboratoire : Maladies infectieuses et vecteurs : écologie, génétique, évolution et contrôle (Montpellier)
• Jury : Président / Présidente : Patrice Le Pape
• Jury : Examinateurs / Examinatrices : Laurence Lachaud, Patrice Le Pape, Stéphane Ranque, Françoise Botterel-Chartier, Gérald Chanques
• Jury : Rapporteurs / Rapporteuses : Stéphane Ranque, Françoise Botterel-Chartier

Mots clés

Mots clés contrôlés

Candidose invasive

Marqueurs biologiques

Scores en médecine

Épidémiologie

Réanimation

Mots clés libres

Réanimation

Candidose invasive

Epidémiologie

Score prédictif

Biomarqueur

Pcr

Intensive Care Unit

Invasive candidiasis

Epidemiology

Predictive score

Biomarker

Pcr

Résumé

Les patients de réanimation sont des patients à très haut risque de survenue de candidoses invasives associées à une importante mortalité. Les espèces du genre Candida sont retrouvées en troisième position des agents infectieux les plus fréquemment isolés au cours des septicémies. Le diagnostic reste difficile en raison d’une clinique aspécifique et d’une sensibilité médiocre des hémocultures. Des scores prédictifs, des biomarqueurs ou encore des PCR ont été développés de manière à améliorer le diagnostic et l’identification des patients à risque. Dans ce travail, la première partie présente les données de l’évolution de l’écologie fongique, des candidoses invasives, des prescriptions d’antifongiques et des sensibilités aux antifongiques sur une période de dix ans dans un service de réanimation. Au cours de cette période, les changements observés dans la prescription d’antifongiques n’ont pas entrainé de modifications significatives de l’écologie fongique ni d’apparition de résistances. Dans une deuxième partie, nous présentons les résultats d’une étude prospective observationnelle bicentrique réalisée chez 435 patients non neutropéniques de réanimation. L’analyse de plusieurs variables (facteurs de risque de candidose invasive, colonisation à Candida sp., dosages d’antigène mannane et d’anticorps anti-mannane) a permis l’élaboration d’un score prédictif de survenue de candidose invasive. Finalement, la dernière partie du travail présente la mise au point de PCR Candida en temps réel dans le sang ainsi qu’une évaluation de la technologie de digital PCR.

Patients in intensive care units (ICU) are at very high risk of invasive candidiasis associated with high mortality rate. Candida species are the third cause of septicemia. Clinical signs lack of specificity and blood cultures lack of sensitivity, and therefore the diagnosis remains a challenge. In order to improve the identification of patients with invasive candidiasis, predictive rules, biomarkers and PCR have been developed. The first part of this work describes the evolution over a ten years period in one ICU in Candida species distribution, susceptibility to antifungal drugs and consumption of antifungal agents. Changes in antifungal drug consumption were observed but they were not associated with significant changes in fungal ecology or with the emergence of resistant species. In a second part, we present a prospective, observational and bicentric study performed in 435 non-neutropenic patients in ICU. Several variables (risk factors of invasive candidiasis, Candida colonization, mannan antigen and anti-mannan antibodies) were analyzed and a predictive score of invasive candidiasis has been developed. Finally, the last part presents the development of Candida real-time PCR in blood, as well as the evaluation of a digital PCR.