Effet d’un bassin de rétention des eaux pluviales en milieu urbain sur la diversité et la dangerosité de bactéries pathogènes opportunistes

Effect of a stormwater retention pond in urban area on the diversity and the dangerousness of opportunistic pathogenic bacteria

• Auteur / Autrice : Claire Bernardin
• Direction : Didier Blaha, Sylvie Barraud
• Type : Thèse de doctorat
• Discipline(s) : Écologie microbienne
• Date : Soutenance le 06/02/2017
• Etablissement(s) : Lyon
• Ecole(s) doctorale(s) : École doctorale Evolution Ecosystèmes Microbiologie Modélisation (Lyon ; 1999-....)
• Partenaire(s) de recherche : Equipe de recherche : Écologie Microbienne Lyon
• Partenaire(s) de recherche : établissement opérateur d'inscription : Université Claude Bernard (Lyon ; 1971-....)
• Jury : Président / Présidente : Estelle Bilak
• Jury : Examinateurs / Examinatrices : Jean Freney
• Jury : Rapporteur / Rapporteuse : Estelle Bilak, Tim D. Fletcher, Brigitte Vinçon-Leite

Mots clés

Mots clés contrôlés

Polluants

Bassins de retenue des eaux pluviales

Infections à germes opportunistes

Bactéries pathogènes

Mots clés libres

Bactéries pathogène opportuniste

Bassin de rétention

Contaminant chimique

Eaux pluviales

Nématodes

Sédiments

Virulence

Opportunistic pathogenic bacteria

Retention basin

Chemical contaminant

Rainwater

Nematodes

Sediments

Virulence

Résumé

La gestion des eaux a pendant longtemps été associée à des préoccupations sanitaires afin d'éviter la dissémination de maladie hydrique. Au cours du temps, l'aspect sanitaire a été remplacé par des préoccupations environnementales. A ce jour, des questions sur les potentiels risques sanitaires dues aux ouvrages de gestion des eaux sont récurrentes. Dans ce travail, nous nous sommes intéressés au comportement d'un bassin sec de rétention de l'est lyonnais en étudiant les liens existant entre la présence de bactéries pathogènes opportunistes, le fonctionnement hydraulique et la capacité de piégeage des polluants de ce bassin. Pour cela, nous avons réalisé 6 campagnes de prélèvements sur un an et demi. Les prélèvements ont été caractérisés au niveau physico-chimique et microbiologique (A. caviae, P. aeruginosa, Nocardia, E. coli, coliformes, entérocoques). Les caractéristiques physico-chimiques trouvées sont comparables à celles obtenues dans des bassins similaires. L'ensemble du bassin est régulièrement contaminé par les bactéries suivies (0 à 1.92E+07 UFC/g sec). Des concentrations plus fortes en été et un apport par les pluies ont pu être observés. Des analyses de corrélation de type Pearson ont mis en évidence de rares liens entre la présence de bactéries et de polluants chimiques, comme par exemple entre P. aeruginosa et les HAPs. Une corrélation entre les Nocardia et des caractéristiques sédimentaires (teneur en masse organique volatile et densité) a aussi pu être observée. Une étude plus poussée sur le genre Nocardia a permis: d'isoler pour la première fois en France des N. cyriacigeorgica dans l'environnement, de mettre au point une qPCR (spécifique de cette espèce) utilisable en milieu complexe et de développer un test rapide sur nématode afin de connaitre la virulence d'isolats bactériens au niveau du SNC

Water management has been associated during a long time with health concerns to prevent the spread of waterborne disease. Over time, the health aspect was replaced by environmental concerns. Nowadays, questions about the potential health risks due to water management structures are recurrent. In this work, we studied the behavior of a dry retention basin at the eastern part of Lyon, in particular the links between the presence of opportunistic pathogenic bacteria, the hydraulic behaviour and the trapping capacity of pollutants in the basin. For that purpose, we carried out 6 sampling campaigns during a year and a half. The samples were characterized at a physicochemical and microbiological level (A. caviae, P. aeruginosa, Nocardia, E. coli, coliforms, enterococci). The physicochemical characteristics found are comparable to those obtained in similar basins. The entire basin is regularly contaminated by bacteria followed (0 to 1.92E +07 CFU/g dm). Higher concentrations in summer and during rain periods were observed. Pearson correlation analysis revealed some rare links between the presence of bacteria and chemical pollutants, such as between P. aeruginosa and PAHs. A correlation between Nocardia and sedimentary characteristics (volatile organic content and mass density) was also observed. For the first time in France, further study on the genus Nocardia has permitted: to isolate N. cyriacigeorgica in the environment, to develop a qPCR (specific of this species) used in complex environments and to develop a quick test on nematode in order to identify the virulence of bacterial isolates in the NSC