Optimisation combinatoire et extraction de connaissances sur données hétérogènes et temporelles : application à l’identification de parcours patients

Combinatorial optimization and knowledge extraction on heterogeneous and temporal data : application to patients profiles discovery

• Auteur / Autrice : Maxence Vandromme
• Direction : Clarisse Dhaenens, Laetitia Jourdan
• Type : Thèse de doctorat
• Discipline(s) : Informatique
• Date : Soutenance le 30/05/2017
• Etablissement(s) : Lille 1
• Ecole(s) doctorale(s) : École doctorale Sciences pour l'ingénieur (Lille)
• Partenaire(s) de recherche : Laboratoire : Centre de Recherche en Informatique, Signal et Automatique de Lille

Mots clés

Mots clés contrôlés

Apprentissage automatique

Classification automatique

Optimisation combinatoire

Exploration de données

Mots clés libres

Biclustering

Classification double

Données hétérogènes

Données temporelles

Résumé

Les données hospitalières présentent de nombreuses spécificités qui rendent difficilement applicables les méthodes de fouille de données traditionnelles. Dans cette thèse, nous nous intéressons à l'hétérogénéité de ces données ainsi qu'à leur aspect temporel. Dans le cadre du projet ANR ClinMine et d'une convention CIFRE avec la société Alicante, nous proposons deux nouvelles méthodes d'extraction de connaissances adaptées à ces types de données. Dans la première partie, nous développons l'algorithme MOSC (Multi-Objective Sequence Classification) pour la classification supervisée sur données hétérogènes, numériques et temporelles. Cette méthode accepte, en plus des termes binaires ou symboliques, des termes numériques et des séquences d'événements temporels pour former des ensembles de règles de classification. MOSC est le premier algorithme de classification supportant simultanément ces types de données. Dans la seconde partie, nous proposons une méthode de biclustering pour données hétérogènes, un problème qui n'a à notre connaissance jamais été exploré. Cette méthode, HBC (Heterogeneous BiClustering), est étendue pour supporter les données temporelles de différents types : événements temporels et séries temporelles irrégulières. HBC est utilisée pour un cas d'étude sur un ensemble de données hospitalières, dont l'objectif est d'identifier des groupes de patients ayant des profils similaires. Les résultats obtenus sont cohérents et intéressants d'un point de vue médical ; et amènent à la définition de cas d'étude plus précis. L'intégration dans une solution logicielle est également engagée, avec une version parallèle de HBC et un outil de visualisation des résultats.

Hospital data exhibit numerous specificities that make the traditional data mining tools hard to apply. In this thesis, we focus on the heterogeneity associated with hospital data and on their temporal aspect. This work is done within the frame of the ANR ClinMine research project and a CIFRE partnership with the Alicante company. In this thesis, we propose two new knowledge discovery methods suited for hospital data, each able to perform a variety of tasks: classification, prediction, discovering patients profiles, etc.In the first part, we introduce MOSC (Multi-Objective Sequence Classification), an algorithm for supervised classification on heterogeneous, numeric and temporal data. In addition to binary and symbolic terms, this method uses numeric terms and sequences of temporal events to form sets of classification rules. MOSC is the first classification algorithm able to handle these types of data simultaneously. In the second part, we introduce HBC (Heterogeneous BiClustering), a biclustering algorithm for heterogeneous data, a problem that has never been studied so far. This algorithm is extended to support temporal data of various types: temporal events and unevenly-sampled time series. HBC is used for a case study on a set of hospital data, whose goal is to identify groups of patients sharing a similar profile. The results make sense from a medical viewpoint; they indicate that relevant, and sometimes new knowledge is extracted from the data. These results also lead to further, more precise case studies. The integration of HBC within a software is also engaged, with the implementation of a parallel version and a visualization tool for biclustering results.