The metabolic consequences of gene knockout to pathway flux in trypanosomes
Auteur / Autrice : | Maria Fatarova |
Direction : | Jean-Charles Portais |
Type : | Thèse de doctorat |
Discipline(s) : | Ingenieries microbienne et enzymatique |
Date : | Soutenance le 23/05/2017 |
Etablissement(s) : | Toulouse, INSA |
Ecole(s) doctorale(s) : | École doctorale Sciences écologiques, vétérinaires, agronomiques et bioingénieries (Toulouse) |
Partenaire(s) de recherche : | Laboratoire : Laboratoire d'Ingénierie des Systèmes Biologiques et des Procédés - Laboratoire d'Ingénierie des Systèmes Biologiques et des Procédés / LISBP |
Jury : | Président / Présidente : Patrick Moreau |
Examinateurs / Examinatrices : Jean-Charles Portais, Michael Boshart, Sophie Colombie, Patrick Kiefer, Frederick Bringaud | |
Rapporteurs / Rapporteuses : Michael Boshart, Sophie Colombie |
Mots clés
Résumé
Le contexte de ce projet de thèse était d’approfondir la compréhension du métabolisme de Trypanosoma brucei. Les trypanosomes utilisent différents types de sources de carbone, des hydrates de carbone ainsi que des acides aminés pour alimenter leurs besoins énergétiques et biosynthétiques (conditions imitant réellement l'environnement dans la mouche tse-tse). Les différences de thioesters d'acyl-CoA sont encore inconnues dans ces conditions. Une telle élucidation est essentielle pour comprendre les adaptations métaboliques de l'organisme au cours de son cycle de vie. Cet objectif pourrait être complété par une combinaison d'analyses sensibles de divers groupes de métabolites, de délétions dirigées de gènes ou de régulations négatives. Ces derniers développements intègrent un flux de travail complet d'analyse des flux métaboliques par 13C à l’état-instationnaire. Ce flux de travail combine les méthodes existantes pour la collecte d'échantillons, la métabolomique quantitative basée sur MS et l'analyse isotopique d'acides organiques, d'acides aminés, de composés phosphorylés en plus des thioesters d'acyl Coenzyme A (acyl-CoAs), qui représentent un point central entre le métabolisme central du carbone et les voies anaboliques. Ce flux de travail a d'abord été évalué et validé sur l'organisme modèle Escherichia coli et a fourni de nouvelles idées sur son fonctionnement métabolique. Par la suite, ce flux de travail a ensuite été exploité pour étudier le métabolisme de T. brucei, pour lequel les résultats préliminaires sont décrits et discutés dans cette thèse.